针对会计侵占公司财产且已申请人身保护的情况，公司可采取以下法律措施：

1. 立即固定侵占证据并启动刑事控告程序
   会计侵占公司财产可能涉嫌职务侵占罪（《刑法》第271条），公司需第一时间收集关键证据：

   • 财务凭证（如转账记录、报销单据、合同等）
     
   • 监控录像、证人证言（证明会计实施侵占行为）
     
   • 审计报告（委托第三方机构出具财产损失专项审计）
     携带证据向公安机关经侦部门报案，要求立案侦查。即使会计已申请人身保护，刑事程序仍可独立推进，公安机关会依法审查其是否构成犯罪。

2. 同步提起民事诉讼追偿损失
   若刑事立案存在困难或需快速止损，公司可向法院提起民事诉讼：

   • 案由：财产损害赔偿纠纷
     
   • 诉求：要求会计返还侵占财产、赔偿利息损失等
     
   • 优势：民事诉讼不因刑事程序中止，且可申请财产保全（如冻结会计银行账户、查封房产等），防止财产转移。
     注：若刑事判决认定会计构成犯罪，公司可凭生效判决书直接申请强制执行，无需另行民事诉讼。

3. 针对人身保护令的应对策略
   若会计以“遭受公司威胁”等理由申请人身保护令，公司需：

   • 审查合法性：向法院提交证据（如监控、聊天记录等）证明公司未实施威胁行为，要求撤销保护令；
     
   • 限制行为边界：人身保护令通常禁止申请人接近特定场所或人员，公司可要求法院明确会计不得干扰公司正常经营（如禁止进入办公场所、联系员工等）；
     
   • 反诉诽谤：若会计虚构事实申请保护令，公司可另案起诉其侵犯名誉权，要求赔礼道歉并赔偿损失。

4. 内部治理完善建议

   • 立即暂停会计职务，接管其经手的财务资料；
     
   • 全面审计公司财务，排查其他潜在侵占行为；
     
   • 修订财务制度（如实行双岗复核、定期轮岗），防范类似风险。

行动建议顺序：

1. 优先固定侵占证据并报案（刑事手段威慑力最强）；
   
2. 同时申请财产保全并准备民事诉讼材料；
   
3. 针对人身保护令提交反驳证据，维护公司经营秩序。
   

如有具体证据材料或案件细节需要分析，可进一步向我说明，我会结合实务经验提供针对性方案。