针对临时用地到期未退还且存在永久性建筑物的情况，需分步骤依法处理，核心结论如下：

1. 确认临时用地审批文件的合法性及期限
   首先需核查临时用地的审批文件（如《临时用地批准书》），明确用地期限、用途及审批机关。根据《土地管理法》第57条，临时用地期限一般不超过2年，期满后土地使用者应恢复土地原状并退还。若审批文件存在程序违法（如未依法公示、越权审批）或期限超法定上限，可能影响后续处理的合法性基础。

2. 区分永久性建筑物的性质与责任主体

   • 若建筑物为土地使用者擅自建设：根据《土地管理法》第77条，未经批准非法占用土地建住宅的，由县级以上政府自然资源主管部门责令退还土地、限期拆除。若涉及商业或工业建筑，可能同时违反《城乡规划法》第64条，需由城乡规划部门责令停止建设、限期改正或拆除。
     
   • 若建筑物为审批时默许或历史遗留问题：需结合地方政策判断。例如，部分地区对早期临时用地转为永久用地的情形，可能要求补办出让手续并缴纳土地出让金，但此情形需以地方性法规或政策为依据，且通常不适用于明确禁止“以临代永”的区域。

3. 行政处理程序与强制执行

   • 责令退还与拆除：自然资源主管部门应先作出《责令退还土地决定书》及《限期拆除决定书》，明确退还期限及拆除义务。
     
   • 申请法院强制执行：若土地使用者拒不履行，行政机关需在法定期限内（通常为3个月）向法院申请强制执行。根据《行政强制法》第53条，逾期未申请的，法院不予受理。
     
   • 执行中的注意事项：强制拆除需遵循《行政强制法》第44条，提前公告并留出复议、诉讼期限；若建筑物内有人居住，需妥善安置以避免社会风险。

4. 民事赔偿与刑事责任风险

   • 民事赔偿：若临时用地导致土地所有权人（如村集体）损失（如土地复垦费用、租金损失），所有权人可依据《民法典》第1165条提起侵权之诉，要求赔偿。
     
   • 刑事责任：若土地使用者以欺骗手段取得审批，或非法占用基本农田5亩以上、其他耕地10亩以上，可能触犯《刑法》第342条“非法占用农用地罪”，面临5年以下有期徒刑或拘役。

5. 特殊情形处理建议

   • 建筑物已取得部分合法手续：如已办理规划许可但未取得用地审批，需协调规划与自然资源部门，可能需先撤销规划许可再处理用地问题。
     
   • 涉及公共利益：若建筑物为学校、医院等公共设施，地方政府可能依据《土地管理法》第55条，通过征收程序将临时用地转为永久用地，但需依法补偿并重新办理审批。

行动建议：

• 对土地使用者：立即停止使用土地，主动与审批机关协商补办手续或拆除建筑物，避免行政处罚升级为刑事责任。
  
• 对行政机关：严格依法定程序处理，保留完整的催告、决定、送达等证据，确保强制执行合法性。
  
• 对权利人：若为土地所有权人，可向自然资源部门举报或直接起诉要求退还土地；若为相邻权人，可主张排除妨害请求权。
  

如有具体案件细节（如用地位置、建筑物用途、审批机关等），可进一步提供信息以便针对性分析。