结论：国土自然资源部门依法没收违法建筑物并移交后，并不一定意味着案件已经办结，具体是否办结需根据后续处理情况及相关法律规定来判断。
分析说明：
没收与移交的法律意义：
- 国土自然资源部门依法没收违法建筑物，是对违法行为的一种行政处罚措施，旨在纠正违法行为并恢复土地管理秩序。
- 移交则通常指的是将没收的建筑物移交给相关部门（如地方政府、财政部门或指定的接收单位）进行后续处理。
办结的判定标准：
- 办结通常意味着案件已经处理完毕，所有法律程序已经履行完毕，且没有遗留问题。
- 在没收违法建筑物的案件中，办结不仅涉及没收和移交行为本身，还可能涉及后续的处理措施，如建筑物的拆除、拍卖、变卖或用于其他公益目的等。
后续处理的可能性：
- 如果没收的建筑物被移交后，相关部门立即进行了拆除或其他合法处理，且没有引发新的法律纠纷或问题，那么可以认为案件已经办结。
- 如果移交后，建筑物的处理存在争议或需要进一步法律程序（如拍卖、变卖过程中的纠纷，或建筑物使用权的归属问题等），则案件可能尚未办结。
法律程序与办结的关系：
- 办结需要满足所有法律程序的要求，包括但不限于行政处罚决定的执行、后续处理措施的合法性和合规性等。
- 如果任何法律程序存在瑕疵或未履行完毕，都可能影响案件的办结状态。
法律建议：
- 对于国土自然资源部门而言，在依法没收违法建筑物并移交后，应确保后续处理措施的合法性和合规性，及时跟进案件进展，确保案件能够顺利办结。
- 对于相关权利人或利害关系人而言，如果认为没收或移交行为存在争议或侵犯其合法权益，可以依法提出行政复议或行政诉讼等法律救济途径。
后续行动指导：
- 如果您是国土自然资源部门的工作人员，建议详细记录没收和移交的过程，以及后续处理措施的实施情况，以备查验和确保案件办结。
- 如果您是相关权利人或利害关系人，且对没收或移交行为有异议，建议及时咨询专业律师，了解您的法律权利和救济途径，并依法维护自己的合法权益。
如有任何进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。