结论：在您描述的情况下，是否可以起诉黑诊所取决于多个因素，包括手术与上半身疼痛之间的因果关系、诊所的过错程度、已签署协议的内容等。以下是对这些因素的详细分析：

一、手术与上半身疼痛的因果关系

1. 医学证明：首先，需要医学证据来证明宫颈糜烂修复手术与上半身疼痛之间存在直接的因果关系。如果医学上无法证明这种因果关系，那么起诉诊所的难度会大大增加。
2. 专业鉴定：可以考虑申请医疗事故鉴定，由专业的医疗鉴定机构对手术与疼痛之间的因果关系进行评估。这是起诉诊所的重要证据之一。

二、诊所的过错程度

1. 非法行医：如果诊所没有合法的医疗资质，或者医生没有相应的执业资格，那么诊所可能构成非法行医。非法行医是严重的违法行为，受害者有权要求赔偿。
2. 手术过错：即使诊所有合法的医疗资质，如果医生在手术过程中存在过错，如操作不当、未遵循医疗规范等，导致患者受到损害，诊所也应承担相应的赔偿责任。

三、已签署协议的内容

1. 协议效力：需要审查已签署的退款协议内容。如果协议中明确排除了诊所对手术可能引发的后续问题的责任，那么起诉诊所的难度会增大。但请注意，如果协议内容违反了法律法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等情形，该协议可能被认定为无效。
2. 协议限制：即使协议有效，也不意味着诊所可以完全免除责任。如果协议中的条款显失公平，或者诊所存在故意隐瞒重要事实等情形，受害者仍有权要求赔偿。

四、起诉的可行性与建议

1. 收集证据：在决定起诉之前，务必收集充分的证据，包括医学证明、手术记录、协议文本、退款凭证等。这些证据将有助于证明诊所的过错和您的损害后果。
2. 咨询专业律师：由于医疗纠纷案件涉及复杂的医学和法律问题，建议您咨询专业律师，特别是擅长医疗纠纷领域的律师。律师将能够为您提供专业的法律意见，帮助您评估案件的胜诉可能性，并制定合适的诉讼策略。
3. 考虑其他途径：除了起诉之外，您还可以考虑通过调解、仲裁等途径解决纠纷。这些途径通常更加灵活、高效，且成本较低。

最后，是否可以起诉黑诊所取决于多个因素的综合考量。如果您认为诊所存在过错，且您因此受到了损害，那么您有权要求赔偿。但请注意，起诉是一个复杂且耗时的过程，需要充分的证据和专业的法律支持。因此，在决定起诉之前，请务必谨慎考虑，并咨询专业律师的意见。如果您有任何进一步的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。