村干部侵占征地补偿集体资金后自动上交的行为仍构成违法，需依法追究责任，但上交情节可能影响量刑。具体处理方式需结合案件细节，以下分情况说明：

1. 法律定性：侵占行为已构成犯罪，上交不改变违法性质

根据《刑法》第271条，村干部作为“其他单位人员”，利用职务便利侵占集体资金25万元，属于“数额较大”（司法解释标准为6万元以上），已构成职务侵占罪。
关键点：

• 犯罪既遂标准为资金被非法占有并实际控制，即使后续上交，仍需追究刑事责任；
  
• 上交行为属于“案发前退赃”，可作为量刑情节从轻或减轻处罚，但无法免除刑事责任。

2. 处理流程：需经刑事立案、侦查、审判程序

• 刑事立案：村民或集体可向公安机关报案，公安机关需立案侦查（若已过追诉时效则另论）；
  
• 侦查阶段：公安机关调查资金流向、侵占手段、是否共犯等，固定证据；
  
• 审查起诉：检察院审查是否构成犯罪、量刑建议（如退赃可建议从宽）；
  
• 审判阶段：法院根据犯罪情节、退赃情况、社会影响等判决，可能判处3年以下有期徒刑或拘役（若数额巨大可升格处罚）。

3. 量刑影响：上交情节可争取从宽处理

根据《刑法》第67条及司法实践，退赃属于“认罪悔罪表现”，可能产生以下效果：

• 从轻处罚：基准刑可能降低20%-30%；
  
• 缓刑可能：若犯罪情节较轻（如初犯、主动退赃、无其他恶劣情节），可争取缓刑；
  
• 免予刑事处罚：仅在极少数情节显著轻微（如刚达到立案标准即退赃）时可能适用，但25万元数额较大，免刑概率极低。

4. 追诉时效：需确认是否已过法定期限

职务侵占罪法定最高刑为5年以上有期徒刑（若数额巨大），追诉时效为10年。
需核实：

• 侵占行为发生时间；
  
• 是否在追诉期内被公安机关立案或被害人控告（若已立案则不受时效限制）。
  若已过时效：刑事责任免除，但民事赔偿责任仍需承担（如返还资金、赔偿损失）。

5. 民事赔偿：集体资金需全额返还，可能涉及利息或损失赔偿

即使刑事责任减轻，村干部仍需：

• 返还侵占的25万元本金；
  
• 赔偿集体因资金被占用产生的利息损失（按同期银行贷款利率计算）；
  
• 若资金被挥霍导致无法全额返还，可能需以个人财产赔偿。

6. 纪律处分：除刑事责任外，可能面临党纪政务处分

若村干部为党员或公职人员，还需接受：

• 党内警告、严重警告、撤销党内职务等处分（依据《中国共产党纪律处分条例》）；
  
• 政务记过、降级、撤职等处分（依据《公职人员政务处分法》）。

建议行动：

1. 立即向公安机关报案，提交资金流水、会议记录等证据；
   
2. 同步向乡镇政府或纪委监委反映，推动纪律处分；
   
3. 集体可委托律师提起民事诉讼，要求返还资金及赔偿损失；
   
4. 关注案件进展，确保退赃资金实际返还至集体账户。
   

如有细节需补充（如侵占时间、资金用途、是否共犯等），可进一步说明，我会为您分析具体风险点。