中医门诊部制作膏方是否合法，这主要取决于其是否遵循了相关的法律法规和备案管理要求。以下是对此问题的详细解答：

首先，根据原卫生部、国家中医药管理局和原国家食品药品监督管理局共同印发的《关于加强医疗机构中药制剂管理的意见》，如果中医门诊部是“受患者委托，按医师处方（一人一方）应用中药传统工艺加工而成的制品”，如膏方，那么这种行为是不纳入医疗机构中药制剂管理范围的。但前提是，门诊部需要提供受患者委托的证明性材料，如患者的知情同意书、委托协议或其他能够证明的文书。

其次，根据《中华人民共和国中医药法》和《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，医疗机构配制制剂（含中药制剂）是由省、自治区、直辖市药品监督管理部门负责的。如果中医门诊部想要制作膏方并作为制剂进行管理，那么它需要取得《医疗机构制剂许可证》，或者如果未取得该许可证或该许可证无相应制剂剂型，可以委托符合条件的单位进行配制，并同时向委托方所在地省级食品药品监督管理部门进行备案。

再者，根据总局关于对医疗机构应用传统工艺配制中药制剂实施备案管理的公告（2018年第19号），医疗机构应用传统工艺配制中药制剂，包括膏方等，需要进行备案管理。备案时需要提交一系列资料，如制剂名称及命名依据、立题目的和依据、证明性文件、说明书及标签设计样稿、处方组成、配制工艺及工艺研究资料等。

综合上述信息，我们可以得出以下结论：

1. 如果中医门诊部是受患者委托，按医师处方（一人一方）应用中药传统工艺加工膏方，并且提供了相应的证明性材料，那么这种行为是合法的，且不需要进行制剂备案。

2. 如果中医门诊部想要将膏方作为制剂进行管理并销售或提供给非特定患者，那么它需要取得《医疗机构制剂许可证》或进行委托配制，并按照规定进行备案管理。

建议：

• 中医门诊部在制作膏方前，应明确其制作目的和方式，以确定是否需要备案。
• 如果需要备案，门诊部应仔细研究相关法规和备案要求，准备齐全的备案资料，并按照规定进行备案。
• 门诊部应确保膏方的制作过程符合中药传统工艺和质量管理要求，以确保膏方的质量和安全。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。