公司制定罚款绩效制度在大多数情况下是不合法的，但需分情况讨论：

1. 从劳动法角度分析
   根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系时，双方地位平等。用人单位无权单方面对劳动者进行罚款，因为罚款属于行政处罚权范畴，而企业并非行政机关，不具备行政处罚主体资格。若公司以“绩效不达标”为由直接扣减工资，可能涉嫌违法克扣工资，劳动者有权要求补发并主张赔偿。

2. 合法替代方案：绩效工资浮动机制
   若公司希望通过制度激励员工提升绩效，可采取合法方式：

   • 在劳动合同中明确约定“绩效工资”部分，根据考核结果浮动发放（如绩效达标发放全额，不达标按比例发放）；
     
   • 确保浮动部分不超过法定工资比例（通常建议不超过工资总额的30%），且考核标准需公开透明、合理合法；
     
   • 避免使用“罚款”“扣钱”等表述，改用“绩效奖励调整”等合规措辞。

3. 特殊情形：员工过错导致损失
   若员工因故意或重大过失给公司造成经济损失，公司可依据《工资支付暂行规定》要求赔偿，但需满足以下条件：

   • 赔偿金额不超过当月工资的20%；
     
   • 扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准；
     
   • 公司需承担举证责任，证明损失与员工行为的直接因果关系。
     注意：此情形与“绩效罚款”本质不同，前者是损失赔偿，后者是管理手段。

4. 实务建议

   • 对员工：若公司以罚款名义扣减工资，可收集劳动合同、工资条、罚款通知等证据，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
     
   • 对公司：建议修订制度，将“罚款”改为“绩效奖励调整”，并明确考核标准、浮动规则及申诉渠道，避免法律风险。

总结：公司直接制定罚款绩效制度违法，但可通过合法设计绩效工资机制实现管理目标。如有具体案例或制度条款需要分析，可进一步向我咨询。