结论：女方起诉离婚且遗弃自己的女儿多年，法院是否会判决离婚，需结合具体案情和证据综合判断，但遗弃行为会成为法院考虑的重要因素，在多数情况下，若遗弃行为成立且情节严重，法院倾向于判决离婚。
法律背景与依据
《民法典》关于离婚的规定：
- 根据《民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
- 遗弃家庭成员属于法定离婚事由之一。若女方遗弃女儿多年，且情节严重，这通常被视为感情确已破裂的证据，法院在调解无效后，一般会判决离婚。
遗弃行为的认定：
- 遗弃行为通常指对年老、年幼、患病或者其他没有独立生活能力的家庭成员，负有扶养义务而拒绝扶养的行为。
- 在本案中，若女方长期不履行对女儿的抚养、教育、保护等义务，且情节严重（如长期离家不归、不提供生活费用、不关心女儿成长等），则可能构成遗弃。
具体分析
遗弃行为的证据收集：
- 男方（或女儿的其他监护人）需要收集女方遗弃行为的证据，如邻居、亲友的证言，女方长期不回家的记录，不支付抚养费的凭证，以及女儿因遗弃而遭受身心伤害的证明等。
- 这些证据将用于证明女方存在遗弃行为，且情节严重，从而支持离婚诉讼。
法院的判断标准：
- 法院在审理此类案件时，会综合考虑双方的感情基础、婚姻状况、遗弃行为的情节和后果等因素。
- 若女方遗弃行为成立且情节严重，法院通常会认为双方感情确已破裂，调解无效后判决离婚。
可能的法律后果：
- 若法院判决离婚，女方可能还需承担因遗弃行为而产生的法律责任，如支付抚养费、赔偿损失等。
- 此外，女方的遗弃行为还可能影响其在离婚后的财产分割、子女抚养权等方面的权益。
建议与行动
收集证据：
- 男方应尽快收集女方遗弃行为的证据，包括书面材料、证人证言、视听资料等，以支持离婚诉讼。
寻求法律帮助：
- 男方可以咨询专业律师（如我），了解具体的法律程序和策略，以便更好地维护自己和女儿的合法权益。
提起诉讼：
- 在收集到足够证据后，男方可以向人民法院提起离婚诉讼，并提交相关证据以支持自己的主张。
关注女儿权益：
- 在离婚过程中，男方应特别关注女儿的权益保护，确保女儿得到妥善的抚养和教育。
最后，每个案件都有其独特性，法院的判决也会受到多种因素的影响。因此，在处理此类案件时，建议男方积极寻求法律帮助，以便更好地应对可能出现的法律问题。如果你有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。