公立三甲医院破产时，其责任主体及处理方式主要依据相关法律法规进行，具体分析如下：
破产清算的责任主体：
- 根据《中华人民共和国企业破产法》及相关规定，当公立三甲医院因经营不善或其他原因无法清偿到期债务，且资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力时，医院本身（作为债务人）或其债权人可以向人民法院提出破产清算申请。
- 在破产清算过程中，医院的管理层（如院长、副院长等）以及可能涉及的相关责任人员，如果存在违法行为或管理不善导致医院破产的，可能需要承担相应的法律责任，包括但不限于民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。但破产清算本身并不直接等同于这些个人需要承担破产责任，而是医院作为法人实体需要进行的法律程序。
政府部门的角色与责任：
- 公立三甲医院通常属于事业单位，其运营和管理受到政府部门的监督和指导。在医院破产的情况下，政府部门（如卫生健康委员会、财政部门等）可能会介入，以确保医院资产的合理处置、职工权益的保障以及医疗服务的连续性。
- 政府部门可能会协调其他医疗机构接收破产医院的病人，或者提供必要的财政支持以维持基本医疗服务。同时，政府部门也会对医院破产的原因进行调查，如果发现存在管理不善或违法行为，会依法追究相关责任人的责任。
职工与债权人的权益保障：
- 在破产清算过程中，职工的工资、社保等权益应得到优先保障。根据《企业破产法》的规定，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，应首先清偿破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，以及基本养老保险、基本医疗保险费用等。
- 对于其他债权人（如供应商、银行等），其债权将按照法定顺序进行清偿。如果破产财产不足以清偿全部债务，债权人可能需要按照比例受偿。
特殊情况下的处理：
- 考虑到公立三甲医院在医疗服务体系中的重要地位，其破产可能涉及社会公共利益。因此，在实际操作中，政府部门可能会采取特殊措施来避免或延缓医院的破产，如提供财政补贴、协助重组或引入战略投资者等。
- 如果医院确实无法继续运营且破产不可避免，政府部门会确保破产程序的合法性和公正性，同时最大限度地减少对社会的影响。
总结来说，公立三甲医院破产时，其责任主体主要是医院本身作为法人实体，但政府部门在破产过程中也扮演着重要角色，负责协调、监督和保障各方权益。如果医院管理层存在违法行为或管理不善导致破产，相关责任人可能需要承担法律责任。在实际操作中，应充分考虑医院的社会公共属性，确保破产程序的合法性和公正性，同时保障职工和债权人的合法权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。