发现营业执照被别人用了并出现问题时，你应立即采取以下措施来维护自身合法权益：
一、立即确认使用情况与风险评估
沟通询问：
- 尽快与使用你营业执照的人取得联系，明确询问他们使用营业执照的目的、范围、期限等具体情况。
- 查看因使用而产生的相关文件、合同、协议等资料，以全面了解使用情况。
评估法律风险：
- 出借或出租营业执照在法律上可能面临罚款等行政处罚。
- 如果他人在使用过程中从事违法违规活动，如销售假冒伪劣商品、诈骗等，作为执照的登记注册人，你可能需要承担相应的法律责任，包括民事赔偿甚至刑事责任。
- 若对方以你的营业执照开展经营活动产生债务纠纷，你也可能需要承担债务偿还责任。
二、立即采取行动
要求停止使用：
- 若发现他人使用营业执照可能带来风险或不符合你的意愿，应立即书面通知对方停止使用，并明确告知其继续使用的法律后果。
报警并声明作废：
- 如果营业执照被盗用，应第一时间报警，并向工商行政管理部门报告。
- 在国家企业信用信息公示系统声明营业执照作废，以防止盗用者继续使用该执照进行非法活动。
变更或注销：
- 变更登记：对于合法的合作经营场景，但使用超出授权范围，考虑将营业执照进行变更登记，确保经营主体与实际经营情况相符。
- 注销执照：若不打算继续经营，且担心执照被不当使用，可按规定程序办理注销手续。
申请补领：
- 在报警并声明作废后，向工商行政管理部门申请补领新的营业执照，并提供必要的证明材料，如报警记录、声明作废的公告等。
三、保留证据与寻求法律帮助
保留证据：
- 在整个处理过程中，保留所有与营业执照使用情况相关的证据，如沟通记录、文件、通知函件、交易记录、往来信件、通话录音等。
- 这些证据将在后续的法律程序中发挥重要作用，无论是民事诉讼还是刑事追诉。
法律途径维权：
- 如果问题复杂或对方拒绝配合，你可以通过法律途径要求盗用者停止使用营业执照，消除影响，并赔偿损失。
- 你可以向人民法院提起诉讼，要求对方承担侵权责任并赔偿经济损失。
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，如果盗用行为构成犯罪，如诈骗罪或非法经营罪，你还有权要求追究冒用者的刑事责任。
四、加强防范措施
- 定期查看和确认：定期查看和确认营业执照的保存情况，确保没有被盗用或滥用。
- 不随意出借：不随意将营业执照借给他人使用，即使是熟人或合作伙伴也要谨慎对待。
- 及时发现并处理：及时发现并处理任何可疑情况，如收到不明来源的邮件、电话或短信等。
五、了解可能承担的法律责任与后果
- 行政责任：出借营业执照的行为可能会受到工商行政管理部门的行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。
- 民事责任：如果他人使用你的营业执照进行经营活动并产生债务或违法行为，你可能需要承担连带责任，包括赔偿损失等。
- 刑事责任：在极端情况下，如果他人使用你的营业执照进行严重违法行为并构成犯罪，如诈骗、非法经营等，你可能面临刑事责任的追究。
综上所述，营业执照的妥善保管和使用至关重要。一旦发现被他人使用或盗用，应立即采取上述措施以维护自身合法权益，并加强防范以避免类似情况再次发生。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。