结论：虚开5000万税务稽查能否结案，并非一个简单的是非问题，它取决于多种因素，包括案件的具体情况、证据的充分性、税务机关的调查进展以及法律程序的履行等。以下是对此问题的详细分析：
一、案件具体情况的影响
虚开行为的性质与程度：
- 虚开5000万属于数额巨大的虚开行为，通常涉及严重的税务违法。税务机关在稽查过程中，会详细审查虚开的具体情节，包括虚开的目的、手段、造成的后果等。
- 如果虚开行为被认定为故意且情节严重，如涉及伪造、变造发票，或者与他人勾结进行虚开等，那么案件结案的难度会相对较大，因为这类行为往往涉及更复杂的法律关系和更严重的法律后果。
证据的充分性：
- 税务稽查结案的关键在于证据的充分性和确凿性。税务机关需要收集足够的证据来证明虚开行为的存在，以及虚开的具体数额和造成的后果。
- 如果证据不足或者存在瑕疵，税务机关可能会继续调查，甚至将案件移送司法机关处理，从而延长结案时间。
二、税务机关的调查进展
调查效率与程序：
- 税务机关在稽查过程中，需要遵循一定的法律程序和调查效率。这包括发出税务检查通知、进行现场检查、询问相关人员、查阅账簿资料等。
- 如果税务机关能够高效地进行调查，并严格按照法律程序操作，那么案件结案的速度可能会相对较快。
与司法机关的协作：
- 在某些情况下，税务机关可能会与司法机关（如公安机关、检察院等）进行协作，共同调查虚开案件。这种协作可能会涉及更复杂的法律程序和更长的调查时间。
- 如果案件涉及刑事犯罪，税务机关可能会将案件移送司法机关处理，此时案件的结案将取决于司法机关的审理进度和判决结果。
三、法律程序的履行
行政处罚与刑事处罚的衔接：
- 对于虚开行为，税务机关可能会首先进行行政处罚，如罚款、没收违法所得等。如果虚开行为构成犯罪，税务机关则会将案件移送司法机关处理。
- 在行政处罚与刑事处罚的衔接过程中，需要遵循一定的法律程序和时间要求。这可能会影响案件的结案时间。
当事人的权利与义务：
- 在税务稽查过程中，当事人（如虚开行为的实施者、相关企业等）享有一定的权利，如申请听证、提出陈述和申辩等。同时，当事人也有义务配合税务机关的调查工作。
- 如果当事人能够积极履行义务并配合调查，那么案件结案的速度可能会相对较快。反之，如果当事人拒绝配合或者提出无理要求，那么案件结案的时间可能会延长。
四、建议与注意事项
积极配合税务机关的调查：
- 如果涉及虚开案件，建议当事人积极配合税务机关的调查工作，提供必要的资料和证据，以加快案件的结案速度。
寻求专业法律帮助：
- 虚开案件涉及复杂的法律关系和严重的法律后果，建议当事人寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。
关注案件进展与法律程序：
- 当事人应密切关注案件的进展情况和法律程序的履行情况，及时了解案件的最新动态和可能面临的法律后果。
总结来说，虚开5000万税务稽查能否结案取决于多种因素。如果案件情况复杂、证据不足或者涉及刑事犯罪等，那么案件结案的时间可能会相对较长。因此，建议当事人积极配合税务机关的调查工作，并寻求专业律师的帮助以维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。