结论：总公司中标后，分公司缴纳代理费是否合法，需结合具体情况判断，主要看代理协议的签订主体、资金流向及税务处理是否符合法律规定。以下从不同角度详细分析：

一、代理协议签订主体与资金流向

1. 总公司签订代理协议，分公司支付费用

   • 合法性分析：若总公司作为中标方，与代理机构签订代理协议，并约定由分公司支付代理费，这种安排在法律上并非绝对禁止。但关键在于，代理协议的签订主体（总公司）与费用支付主体（分公司）之间的法律关系需清晰明确，且不得违反相关法律法规的强制性规定。
   • 建议：为确保合法性，总公司与分公司之间应签订内部协议，明确代理费的支付责任及资金流向，避免产生纠纷。同时，代理机构应确认收款方的合法性，并保留相关付款凭证。

2. 分公司直接签订代理协议并支付费用

   • 合法性分析：若分公司直接以自身名义与代理机构签订代理协议并支付费用，则需考虑分公司是否具备签订此类协议的独立法人资格。根据《公司法》及相关规定，分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，分公司签订代理协议并支付费用的行为，实质上仍是总公司的行为。
   • 建议：在此情况下，应确保代理机构知晓分公司的法律地位及与总公司的关系，并在协议中明确约定相关责任由总公司承担。同时，分公司应确保资金使用的合规性，避免挪用或侵占总公司资金。

二、税务处理与合规性

1. 税务处理

   • 合法性分析：无论代理费由总公司还是分公司支付，均需按照税法规定进行税务处理。包括但不限于代扣代缴个人所得税（如涉及）、开具合法发票等。若分公司支付费用，还需考虑是否涉及跨地区经营税收管理等问题。
   • 建议：在支付代理费前，应咨询专业税务机构或律师，确保税务处理的合规性。同时，保留好相关税务凭证和资料，以备税务机关检查。

2. 合规性审查

   • 合法性分析：除税务处理外，还需对代理费的支付进行合规性审查。包括但不限于代理协议的合法性、费用支付的合理性、是否存在利益输送或商业贿赂等违法行为。
   • 建议：在支付代理费前，应对代理机构进行尽职调查，确保其具备合法资质和良好信誉。同时，建立内部审批流程，对代理费的支付进行严格把关，避免违规行为的发生。

三、法律后果与风险防范

1. 法律后果

   • 分析：若代理费的支付存在违法行为或不合规情况，可能面临税务机关的处罚、合同无效或被撤销等法律后果。同时，还可能影响公司的声誉和信誉度。
   • 建议：为避免法律后果的发生，应确保代理费的支付合法合规。在签订代理协议前，应仔细审查协议条款和对方的资质信誉；在支付费用时，应保留好相关凭证和资料；在发生纠纷时，应及时咨询专业律师并采取相应措施维护自身权益。

2. 风险防范

   • 分析：为防范代理费支付过程中的风险，公司应建立完善的内部控制制度和风险防范机制。包括但不限于制定代理费支付管理办法、建立内部审批流程、加强财务监督和审计等。
   • 建议：公司应定期对代理费支付情况进行自查和评估，及时发现并纠正存在的问题。同时，加强与代理机构的沟通和协作，共同维护良好的合作关系和市场秩序。

总结与进一步思考：总公司中标后分公司缴纳代理费是否合法，需结合具体情况判断。为确保合法性和合规性，公司应建立完善的内部控制制度和风险防范机制，并在支付代理费前进行充分的尽职调查和合规性审查。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。