可以起诉，但需根据墓地被占领的具体情况，结合相关法律规定来明确起诉对象和法律依据。以下从不同角度进行分析：

1. 从物权保护角度

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第二百零九条规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。农村墓地虽一般不进行传统意义上的物权登记，但基于传统习俗和公序良俗，墓地使用人对其使用的墓地享有相应的权益，这种权益受法律保护。
   • 起诉对象：如果墓地是被他人非法侵占，比如未经允许在他人墓地上建造其他设施、堆放杂物等，墓地使用人可以以侵占人为被告提起民事诉讼，要求侵占人停止侵害、排除妨碍、恢复原状，若造成损失的还可以要求赔偿损失。例如，同村村民甲未经乙同意，在乙家祖坟上种植树木，乙可以甲为被告向法院起诉，要求甲移除树木，恢复墓地原状。

2. 从土地管理角度

   • 法律依据：农村土地属于集体所有，墓地所占用的土地也不例外。根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，土地的使用需符合规划并经过合法审批。如果墓地被占领是因为有人非法占用土地进行建设等活动，涉及到土地管理方面的违法行为。
   • 起诉对象及途径：这种情况下，除了可能涉及民事侵权诉讼外，还可能涉及行政诉讼。如果相关行政部门对非法占用土地行为未依法履行监管职责，墓地使用人或相关利害关系人可以以该行政部门为被告提起行政诉讼，要求其履行法定职责，对非法占用土地行为进行查处。比如，某企业在未取得合法手续的情况下，在农村墓地所在土地上建造厂房，当地国土资源部门未及时处理，墓地使用人可以向法院起诉国土资源部门，要求其对该企业的违法行为进行查处。

3. 从公序良俗和人格权保护角度

   • 法律依据：墓地承载着逝者的尊严和生者的情感寄托，对墓地的侵犯可能涉及到对逝者人格利益的侵害以及对生者精神利益的损害。根据《中华人民共和国民法典》第九百九十四条规定，死者的姓名、肖像、名誉、荣誉、隐私、遗体等受到侵害的，其配偶、子女、父母有权依法请求行为人承担民事责任；死者没有配偶、子女且父母已经死亡的，其他近亲属有权依法请求行为人承担民事责任。
   • 起诉对象：若有人对墓地进行破坏、侮辱等行为，严重违背公序良俗，侵害了逝者的人格利益和生者的精神利益，逝者的近亲属可以以侵权人为被告提起民事诉讼，要求侵权人承担赔礼道歉、赔偿精神损害抚慰金等民事责任。例如，有人在墓地上涂鸦、破坏墓碑等，逝者的子女可以起诉该侵权人要求其承担相应责任。

在处理农村墓地被占领的问题时，建议先收集相关证据，如现场照片、证人证言等，以证明墓地被占领的事实以及造成的损害后果等。如果对具体的法律程序和维权方式不清楚，可以直接向我咨询。