学生签就业协议书时，通常不建议与个体工商户签订，这主要基于以下几个方面的考虑：
一、法律关系的复杂性
劳动关系认定：在校学生与个体工商户之间建立劳动关系的情况较为特殊。虽然法律并未完全将在校学生排除在劳动法适用主体之外，但通常“在校生利用业余时间勤工助学”不被视为就业，未建立劳动关系。然而，如果在校生以就业为目的，接受个体工商户的规章制度、人事管理、岗位安排，并接受其支付的经济报酬，双方实际上可能建立了劳动关系。这种关系的认定可能因具体情况而异，增加了法律上的不确定性。
合同性质：就业协议书通常被视为建立劳动关系的初步协议，它涵盖了劳动合同的主要条款，如工作内容、工资报酬、工作时间等。然而，与个体工商户签订就业协议书时，由于个体工商户的规模和经营方式的特殊性，可能无法像企业那样提供完善的劳动保障和福利待遇，这可能导致学生在未来的工作中面临一些风险。
二、个体工商户的局限性
经营稳定性：个体工商户通常规模较小，经营稳定性相对较差。与个体工商户签订就业协议书，学生可能面临企业倒闭、经营不善等风险，从而影响其就业稳定性和职业发展。
劳动保障：个体工商户可能无法提供与企业相媲美的劳动保障，如社会保险、住房公积金等。这些保障对于学生未来的生活和职业发展至关重要，缺乏这些保障可能增加学生的经济负担和风险。
三、学生身份的特殊性
学业与就业的平衡：在校学生通常还需要完成学业任务，与个体工商户签订就业协议书可能对学生的学业造成一定影响。学生需要权衡学业与就业的关系，确保两者之间的平衡。
职业规划：对于即将毕业的学生来说，职业规划至关重要。与个体工商户签订就业协议书可能限制了学生的职业发展空间和选择机会，不利于其长期职业规划的实现。
四、建议与注意事项
谨慎选择：学生在签订就业协议书时，应谨慎选择用人单位，尽量选择规模较大、经营稳定、能够提供完善劳动保障的企业或机构。
明确条款：无论与何种类型的用人单位签订就业协议书，学生都应仔细阅读协议条款，确保自己的权益得到充分保障。特别是关于工作内容、工资报酬、工作时间、劳动保障等方面的条款，应明确无误。
咨询专业人士：在签订就业协议书前，学生可以咨询学校就业指导中心或法律专业人士的意见，以了解自己的权益和义务，避免陷入不必要的法律纠纷。
综上所述，学生签就业协议书时，与个体工商户签订可能面临法律关系复杂、个体工商户局限性以及学生身份特殊性等多方面的问题。因此，建议学生在签订就业协议书时谨慎选择用人单位，并明确协议条款，以保障自己的合法权益。