结论：房子证件齐全但重建时政府要求退3米是否合法，这取决于多个因素，包括当地的城市规划、土地管理法规以及具体的行政许可要求等。以下从不同角度为您详细分析：
一、城市规划与土地管理法规的角度
城市规划要求：
- 城市规划是城市建设和发展的蓝图，它规定了城市中各类用地的性质、规模、布局以及建设活动的准则。如果您的房屋重建计划与当地的城市规划不符，比如超出了规划的红线范围或者违反了建筑密度、高度等规划要求，政府有权要求您进行调整，包括退让一定的距离。
土地管理法规：
- 土地管理法规对土地的使用、转让、出租等行为进行了规范。在房屋重建过程中，如果涉及到土地使用性质的变更或者土地利用方式的调整，必须遵守相关的土地管理法规。如果政府要求退3米是基于土地管理法规的考虑，比如为了保护相邻土地的使用权益或者确保土地的合理利用，那么这一要求可能是合法的。
二、行政许可与审批的角度
建设许可：
- 在进行房屋重建前，您需要向相关部门申请建设许可。建设许可的审批过程中，政府会综合考虑城市规划、土地管理法规以及公共安全等因素。如果政府在审批过程中认为您的重建计划需要退让一定的距离以满足相关要求，那么这一要求会体现在建设许可中，您需要遵守。
行政行为的合法性审查：
- 如果您对政府要求退3米的决定有异议，可以通过行政复议或行政诉讼等途径进行合法性审查。在审查过程中，法院或复议机关会综合考虑相关法律法规、城市规划以及行政许可的审批情况等因素，判断政府的要求是否合法。
三、实际操作与建议
了解具体要求：
- 首先，您需要了解政府要求退3米的具体依据和目的。这可以通过与相关部门沟通、查阅相关规划文件或法律法规等方式实现。
评估影响与成本：
- 退让3米可能会对您的房屋重建计划产生一定影响，包括建筑面积的减少、建设成本的增加等。您需要评估这些影响是否在可接受范围内，并考虑是否有其他可行的解决方案。
寻求专业帮助：
- 如果您对政府的要求有异议或者不确定如何应对，可以寻求专业律师或规划师的帮助。他们可以为您提供法律咨询、规划建议以及协助您与相关部门进行沟通协商。
进一步思考：在处理此类问题时，除了考虑法律因素外，还需要考虑社会因素、经济因素以及个人利益与公共利益的平衡。因此，在做出决策前，建议您进行全面的评估和思考。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。