企业按照当地最低工资标准缴纳住房公积金，在多数情况下是不合法的，但具体还需根据职工的实际工资情况与当地公积金政策来判断。以下是对这一问题的详细分析：
合法性分析
一般情况下的违法性：
- 根据《住房公积金管理条例》第十六条，职工住房公积金的月缴存额应基于职工本人上一年度月平均工资乘以规定的缴存比例。这意味着，除非有特别规定，否则公积金的缴存基数应为职工的实际月平均工资。
- 若职工上一年度月平均工资高于当地规定的公积金缴存基数下限（通常是当地最低工资标准的一个比例，而非直接等同于最低工资标准），而公司却按照最低工资标准为职工缴纳公积金，这违反了《住房公积金管理条例》的规定，损害了职工的合法权益。
特殊情况下的合法性：
- 职工工资低于缴存下限：当职工上一年度月平均工资确实低于当地规定的公积金缴存基数下限时，公司可以按照最低工资标准（或当地规定的最低缴存基数）为职工缴纳公积金，这是符合规定的。但需注意，这里的“最低工资标准”可能并非直接作为缴存基数，而是当地可能有一个更低的公积金缴存基数下限。
- 特定政策规定：在某些地区或特定情况下，可能存在特殊的公积金缴存政策，允许或要求公司按最低工资标准缴纳。此时，公司需遵循相关政策执行，但这种情况较为少见。
对员工权益的影响
- 公积金账户积累减少：按照最低工资标准缴纳公积金会导致员工每月公积金账户的入账金额减少，长期累积下来，公积金账户的总额将明显低于按实际工资缴纳的情况。
- 贷款额度受限：公积金贷款额度往往与公积金账户余额、缴存基数等因素紧密相关。较低的缴存基数可能会降低员工在购房时可申请的公积金贷款额度，从而增加其购房的资金压力。
员工应对措施
- 与公司沟通：首先尝试与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解公司按照最低工资标准缴纳公积金的具体原因，并要求公司按照规定以本人的实际工资为基数进行缴存。
- 向公积金管理中心投诉：如果与公司沟通无果，员工可以向当地的住房公积金管理中心进行投诉。投诉时，应准备好相关证据材料，如劳动合同、工资条、银行工资流水等，以便证明自己的实际工资情况。住房公积金管理中心在接到投诉后，会进行调查核实，并根据实际情况责令公司限期整改。
- 法律途径维权：如果因为公司未足额缴纳公积金给员工造成了实际损失（如影响公积金贷款额度导致购房成本增加），员工可以通过劳动仲裁或诉讼的方式要求公司赔偿损失。
额外注意事项
- 公司应定期向职工公示公积金的缴存情况，接受职工的监督，以确保合规性。
- 职工也有权随时查询自己的公积金缴存情况，确保公司按照规定为自己缴纳公积金。
总结与建议：企业按照当地最低工资标准缴纳住房公积金是否合法，需根据职工的实际工资情况与当地公积金政策来具体判断。公司应严格按照《住房公积金管理条例》及当地相关政策规定来缴纳公积金，确保以职工本人上一年度的月平均工资为基数，按照规定的比例缴存。同时，公司应关注职工的实际工资情况，避免盲目按最低工资标准缴纳而引发法律风险。员工也应了解自己的权益，并在发现公司存在违规行为时及时采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。