施工合同中进度款的约定，既可以是参照标准，也可以是甲乙双方商定，具体取决于双方的协商和合同条款的设定。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

1. 参照标准的情况：

   • 在建设工程领域，为了规范施工合同的签订和履行，通常会存在一些行业或地方性的标准合同文本或示范文本。这些文本中往往会对进度款的支付方式、支付时间、支付比例等作出明确规定。
   • 如果甲乙双方在签订施工合同时选择参照这些标准或示范文本，那么进度款的约定就会遵循这些文本中的规定。这种情况下，进度款的支付相对标准化，减少了双方因约定不明而产生的纠纷风险。

2. 甲乙双方商定的情况：

   • 除了参照标准外，甲乙双方完全可以根据工程的具体情况、双方的财务状况、市场环境等因素，自行商定进度款的支付方式、支付时间、支付比例等。
   • 这种商定方式更加灵活，能够更好地满足双方的实际需求。但同时，也要求双方在签订合同时对进度款的约定进行充分协商，确保条款的明确性和可操作性，以避免后续履行过程中出现纠纷。

法律建议：

• 在签订施工合同时，甲乙双方应明确进度款的支付方式、支付时间、支付比例等关键条款。如果选择参照标准或示范文本，应仔细阅读并理解其中的相关规定；如果选择自行商定，则应充分协商并确保条款的明确性和合理性。
• 为了保障双方的权益，建议在合同中约定进度款支付的违约责任和争议解决方式。这样，在后续履行过程中如果出现问题，双方可以依据合同条款进行协商或寻求法律救济。

可能的法律后果：

• 如果施工合同中进度款的约定不明确或存在歧义，可能会导致双方在履行过程中产生纠纷。例如，一方可能认为进度款支付时间已到而另一方未支付，从而引发诉讼或仲裁。
• 如果一方未按照合同约定支付进度款，可能构成违约行为，需要承担违约责任。这包括支付违约金、赔偿损失等法律后果。

综上所述，施工合同中进度款的约定既可以是参照标准也可以是甲乙双方商定。无论选择哪种方式，都应确保条款的明确性和合理性，以避免后续履行过程中出现纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。