进度款是否以专项合同为准，需结合具体情况判断，一般遵循以下原则：
一、专项合同有明确约定时
若专项合同中明确规定了进度款的支付条件、支付时间、支付比例等具体条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么进度款应当以专项合同为准。这是因为合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力，双方应当按照合同约定履行各自的义务。
举例说明：假设一份建筑工程专项合同中明确约定，当工程完成至50%时，发包方应支付合同总价款的30%作为进度款。那么，在工程实际完成至50%时，发包方就应当按照合同约定支付相应的进度款。
二、专项合同无明确约定或约定不明时
参照主合同或相关法律法规：如果专项合同中没有对进度款进行明确约定，或者约定不明确，那么可以参照主合同中的相关条款，或者依据相关法律法规的规定来确定进度款的支付方式和标准。
双方协商补充：在合同没有约定或约定不明的情况下，双方还可以通过协商的方式，就进度款的支付问题达成补充协议。补充协议一旦达成，就具有与原合同同等的法律效力。
依据交易习惯或行业惯例：如果双方无法就进度款的支付问题达成一致，且没有相关的法律法规或主合同条款可供参照，那么可以依据交易习惯或行业惯例来确定。但需要注意的是，交易习惯或行业惯例应当是在特定领域内被广泛接受和遵循的，且不得违反法律法规的强制性规定。
三、可能涉及的法律后果
违约责任：如果一方未按照合同约定或法律规定支付进度款，那么可能构成违约，需要承担违约责任。违约责任的形式可能包括支付违约金、赔偿损失等。
合同解除：在严重违约的情况下，另一方还有权解除合同，并要求违约方承担因此造成的损失。
四、建议
在签订专项合同时，务必对进度款的支付问题进行明确约定，包括支付条件、支付时间、支付比例等，以避免后续产生纠纷。
在合同履行过程中，双方应当严格按照合同约定履行各自的义务，确保进度款的按时支付。
如果发生纠纷，双方应当通过友好协商的方式解决；协商不成的，可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。
如果您在进度款支付方面遇到任何法律问题，或者对专项合同的签订和履行有任何疑问，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。