员工手册中规定请假扣绩效是否合法，需分情况讨论：

1. 若请假属于法定休假或符合公司规章制度且未违反法律法规：

   • 合法性分析：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工享有法定的休假权利，如年假、病假、婚假、产假等。在这些情况下，公司不得随意扣除员工的绩效工资。如果员工手册中的规定与法律法规相抵触，那么该规定是不合法的。例如，员工因病请假，公司不能因此扣除其绩效工资，因为病假是员工的法定权利。
   • 建议：员工应仔细审查员工手册中的相关规定，确保自己的休假权利不受侵犯。如果公司违反规定扣除绩效工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 若请假属于事假且公司规章制度中有明确规定：

   • 合法性分析：事假通常不是员工的法定权利，而是公司根据自身情况给予员工的一种福利或安排。因此，公司有权在规章制度中规定事假期间的工资待遇，包括是否扣除绩效工资。但是，这种规定必须合理、公正，并且已经向员工明确告知。如果公司规章制度中明确规定了事假扣除绩效工资，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么该规定是合法的。
   • 建议：员工在请假前应仔细了解公司的规章制度，特别是关于事假期间工资待遇的规定。如果公司规定事假扣除绩效工资，员工应权衡利弊后做出决定。如果认为公司的规定不合理或侵犯了自己的权益，可以与公司协商或寻求法律援助。

3. 若公司规章制度未明确规定或规定模糊：

   • 合法性分析：如果公司规章制度中未明确规定请假是否扣除绩效工资，或者规定模糊、存在歧义，那么公司不能随意扣除员工的绩效工资。在这种情况下，公司应与员工进行协商，达成一致意见后再进行处理。如果公司未经协商擅自扣除绩效工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   • 建议：员工在遇到这种情况时，应首先与公司进行沟通协商，明确请假期间的工资待遇。如果协商无果，可以保留相关证据（如请假条、工资条等），并向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。

额外提醒：

• 公司在制定规章制度时，应确保规定合法、合理、公正，并且已经向员工明确告知。这有助于减少劳动纠纷的发生，维护公司的正常运营秩序。
• 员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款和公司规章制度，确保自己的权益不受侵犯。如果发现合同或规章制度中存在不合理或违法的条款，应及时与公司沟通协商或寻求法律援助。

总结：员工手册中规定请假扣绩效是否合法，取决于请假的性质、公司规章制度的规定以及是否违反法律法规的强制性规定。员工在遇到这种情况时，应仔细审查相关规定，确保自己的权益不受侵犯。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。