结论前置：当事人认为司法鉴定机构出具的鉴定意见书侵害了自己的合法权利时，可以起诉司法鉴定机构，但需基于一定的条件和法律规定。以下是对此问题的详细分析：

可以起诉的情形

1. 鉴定程序严重违法

   • 具体表现：若司法鉴定机构在鉴定过程中未遵循回避程序，如鉴定人员与案件有利害关系却未回避；或者违反受理规定，超出其业务范围进行鉴定，这些行为均可能影响鉴定结果的公正性。
   • 法律后果：当事人可以基于鉴定程序严重违法为由，起诉司法鉴定机构，要求其承担相应的法律责任。

2. 鉴定意见明显依据不足

   • 具体表现：若鉴定所依赖的科学原理、技术方法错误或过时；或者分析送检材料时不科学，缺乏充分证据支持鉴定意见，导致鉴定意见明显依据不足。
   • 法律后果：当事人可以质疑鉴定意见的可靠性，并以此为由起诉司法鉴定机构。

3. 鉴定机构或人员不具备资格

   • 具体表现：若司法鉴定机构无资质许可擅自开展业务；或者鉴定人员缺乏专业知识、技能和资质证书，不具备进行鉴定的资格。
   • 法律后果：不具备资格的鉴定机构和人员进行的鉴定无法律效力，当事人可以以此为由起诉司法鉴定机构，要求其承担因无效鉴定而产生的法律责任。

4. 因鉴定错误导致损失

   • 具体表现：如医疗过错鉴定中，因鉴定机构疏忽导致错误认定，使患者无法获得应有的赔偿；或者其他类型的鉴定中，因鉴定错误导致当事人遭受经济损失或精神损害。
   • 法律后果：若鉴定机构的过错与当事人的损失之间存在因果关系，构成侵权责任，当事人有权要求司法鉴定机构赔偿经济损失、精神损害等。

相关法律规定

1. 民事诉讼法及证据规则

   • 起诉条件：根据《中华人民共和国民事诉讼法》，当事人起诉需满足与案件有直接利害关系、有明确被告、有具体诉讼请求和事实理由、属于法院受理范围和管辖等条件。
   • 证据规则：在诉讼中，当事人可对鉴定结论提出异议，申请重新鉴定或质疑原鉴定结论。法院将根据证据规则对鉴定结论进行审查，并决定是否采纳。

2. 司法鉴定管理法规

   • 如《司法鉴定管理条例》：该条例对司法鉴定机构的设立、运行、管理及鉴定人资格、职责等做出明确规定。违反这些规定，司法鉴定机构及其人员可能承担法律责任。

3. 司法鉴定程序通则

   • 规范鉴定行为：《司法鉴定程序通则》对鉴定程序进行规范，如未按时完成鉴定且损害当事人权益，当事人可追究责任。该通则为当事人提供了维护自身权益的法律依据。

4. 民法典侵权责任编

   • 侵权责任：根据《中华人民共和国民法典》侵权责任编，若司法鉴定机构的行为符合侵权责任的构成要件（违法行为、损害事实、因果关系、过错），则需承担侵权责任。当事人可要求赔偿经济损失、精神损害等。

起诉准备与建议

当事人在起诉司法鉴定机构时，应准备充分的证据来支持自己的主张，包括但不限于鉴定报告、相关证据材料、损失证明等。同时，建议当事人详细记录鉴定过程中的违规行为或错误，以便在起诉时提供有力的证据。

若您认为司法鉴定机构出具的鉴定意见书侵害了您的合法权利，且符合上述起诉情形之一，您可以依法向法院提起诉讼。在起诉过程中，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。