若城市土地被侵占但已办证，您可采取以下法律措施维护自身权益：

1. 确认土地权属及证件合法性
   首先需核实您持有的土地使用权证（如国有土地使用证、不动产权证）是否合法有效，包括发证机关、登记内容（土地位置、面积、用途等）是否与实际情况一致。若证件存在瑕疵（如程序违法、登记错误），可能影响维权基础，需先通过行政复议或行政诉讼纠正登记内容。

2. 收集侵占证据
   固定侵占事实是维权关键，需收集以下证据：

   • 现场证据：照片、视频记录侵占行为（如搭建建筑、堆放物品等）；
     
   • 权属证据：土地证、规划许可证、用地批准文件等证明您对土地的合法权利；
     
   • 侵占主体证据：侵占方身份信息（个人需身份证，单位需营业执照）、侵占行为发生时间及持续状态；
     
   • 损失证据：若侵占导致经济损失（如租金损失、土地价值贬损），需提供评估报告或相关凭证。

3. 选择维权路径
   根据侵占主体及情节严重程度，可选择以下方式：

   • 协商解决：直接与侵占方沟通，要求停止侵害、恢复原状或赔偿损失。此方式成本低、效率高，但需保留书面协商记录（如函件、聊天记录）；
     
   • 行政投诉：若侵占方为个人或单位，可向当地自然资源部门（原国土局）举报，要求其履行查处违法用地行为的职责。根据《土地管理法》，非法占用土地的，由县级以上政府自然资源主管部门责令退还土地，没收违法所得；
     
   • 民事诉讼：若协商、行政途径无效，可向法院提起“排除妨害纠纷”或“财产损害赔偿纠纷”之诉，要求侵占方停止侵害、排除妨碍、赔偿损失。诉讼中需重点证明：
     
     • 您对土地的合法权利；
       
     • 侵占方存在侵权行为；
       
     • 侵权行为与您损失之间的因果关系。
       
   • 刑事报案：若侵占行为涉嫌犯罪（如以暴力、威胁手段非法占用土地，或侵占土地数额较大），可向公安机关报案，追究其刑事责任（如非法占用农用地罪、寻衅滋事罪等）。

4. 注意事项

   • 时效性：民事诉讼的诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算，需及时主张权利；
     
   • 执行问题：若胜诉后侵占方拒不履行判决，可申请法院强制执行（如拆除违建、返还土地）；
     
   • 政策风险：若土地存在历史遗留问题（如未完成征地手续、权属争议），需先通过行政程序解决权属争议，再主张侵权责任。

建议行动步骤：

1. 立即固定侵占证据，避免证据灭失；
   
2. 委托律师分析土地证合法性及侵权情节，制定维权方案；
   
3. 根据律师建议选择协商、行政投诉或诉讼途径；
   
4. 全程保留书面沟通记录，为后续维权提供依据。
   

若需进一步分析具体案情或协助起草法律文书，可直接向我咨询。