结论：小区二楼商铺将地下室空调主机改放二楼房间内朝外排风，这一行为是否合法需视具体情况而定，主要取决于是否违反了相关法律法规、物业管理规定以及是否对其他业主造成了实质性影响。
分析如下：
法律法规层面：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。如果商铺的排风行为对其他业主的正常生活造成了干扰或损害，如噪音污染、空气污染等，那么该行为可能构成对相邻权的侵犯。
- 同时，还需考虑当地是否有关于空调外机安装位置、排风方向等的具体规定或标准。如果有，且商铺的行为违反了这些规定或标准，那么该行为也是不合法的。
物业管理规定层面：
- 小区通常会有物业管理规定，对商铺的装修、设备安装等行为进行规范。如果商铺的排风行为违反了物业管理规定，如未经批准擅自改变设备安装位置等，那么该行为也是不被允许的。
- 物业管理公司有权对违反规定的行为进行制止，并要求商铺进行整改。
实质性影响层面：
- 即使商铺的排风行为在法律法规和物业管理规定上没有明确禁止，但如果该行为对其他业主造成了实质性影响，如噪音过大影响休息、排风导致空气质量下降等，那么其他业主也有权要求商铺停止该行为或采取措施减轻影响。
法律建议：
对于受影响的业主：
- 首先，可以尝试与商铺进行沟通，说明排风行为对自己造成的影响，要求商铺采取措施减轻影响或停止该行为。
- 如果沟通无果，可以向物业管理公司反映情况，要求物业管理公司介入处理。
- 如果物业管理公司也无法解决问题，可以考虑向相关部门（如城管、环保等）投诉或寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
对于商铺：
- 在进行设备安装或改造前，应充分了解相关法律法规和物业管理规定，确保自己的行为合法合规。
- 如果排风行为确实对其他业主造成了影响，应积极采取措施减轻影响或停止该行为，以维护良好的邻里关系和小区环境。
可能法律后果：
- 如果商铺的排风行为被认定为违法或违规，可能会面临行政处罚（如罚款、责令整改等）或民事赔偿（如赔偿其他业主因排风行为造成的损失）。
- 同时，商铺的声誉和形象也可能因此受到损害，影响其正常经营。
综上所述，小区二楼商铺将地下室空调主机改放二楼房间内朝外排风的行为是否合法需视具体情况而定。如果还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。