针对您提出的“电动自行车扣押超三个月怎么处理”的问题，这通常涉及到交通管理法规中关于扣留车辆处理的相关规定。虽然您提供的参考信息主要针对的是南通市海门区的情况，但我们可以根据这些信息以及一般的交通管理法规来给您一个清晰、详细且具有深度的解答。

首先，需要明确的是，电动自行车如果因违反交通法规被扣留，其处理流程通常遵循《中华人民共和国道路交通安全法》及其相关实施条例的规定。根据这些法规，如果车辆被扣留后，车主或相关责任人在规定期限内（通常是公告之日起三个月内）未前来接受处理，交通管理部门有权对扣留的车辆进行依法处理。

具体处理流程可能包括：

1. 公告通知：交通管理部门会发布公告，通知车主或相关责任人在规定期限内前来接受处理。这个公告通常会包含车辆的基本信息、扣留原因、处理期限以及未处理的后果等内容。

2. 期限内处理：如果车主或相关责任人在公告期限内前来接受处理，并按照规定缴纳罚款、接受处罚或提供相关证明文件等，交通管理部门会解除扣留，返还车辆。

3. 超期未处理：如果车主或相关责任人在公告期限内未前来接受处理，交通管理部门有权对扣留的车辆进行依法处理。这通常包括将车辆上缴国库、进行拍卖或报废处理等。

针对您的情况：

• 如果您的电动自行车已经被扣留超过三个月，并且您尚未收到交通管理部门的任何通知或公告，建议您首先联系当地的交通管理部门（如交警大队）进行咨询，了解车辆的具体扣留情况和处理流程。
• 如果您已经收到了公告但未在规定期限内处理，那么您可能需要承担车辆被依法处理的风险。在这种情况下，您仍然可以尝试联系交通管理部门，说明情况并询问是否还有补救措施。

建议：

• 为了避免类似情况的发生，建议您在驾驶电动自行车时严格遵守交通法规，确保车辆合法上路。
• 如果车辆因故被扣留，请务必及时关注交通管理部门的通知和公告，并在规定期限内前来接受处理。

总之，电动自行车扣押超三个月的处理流程通常遵循交通管理法规的相关规定。如果您遇到此类问题，请及时联系当地的交通管理部门进行咨询和处理。