在处理农村土地纠纷并进行确权时，我们需要遵循一套系统而严谨的方法与依据，以确保确权工作的合法性和公正性。以下是对这一问题的详细解答：
一、确权方法
协商解决：
- 当事人可以自行或通过第三方协助进行友好协商，尝试达成一致协议。这种方法灵活快速，有助于维护当事人之间的关系。例如，对于边界争议，双方可以重新确定边界并签订协议。
调解解决：
- 如果协商无果，可以请求村民委员会、乡镇人民政府等机构介入调解。这些机构熟悉当地情况，能够提出合理的解决方案。比如，土地承包经营权流转纠纷可以由村委会出面调解。
行政处理：
- 当协商和调解都无法解决问题时，可以向县级以上人民政府土地管理部门提出处理申请。土地管理部门会进行调查核实，并基于调查结果和法律法规作出具有法律效力的处理决定。
司法解决：
- 如果对行政处理决定不服，可以在规定时间内向人民法院提起行政诉讼或行政复议。法院或复议机关将根据法律和证据进行裁决。
二、确权依据
法律依据：
- 《中华人民共和国土地管理法》：该法明确了土地所有权和使用权的归属原则、土地登记制度以及争议解决方式。它特别强调了土地争议应先协商，协商不成由政府处理，对处理决定不服可起诉。
- 《中华人民共和国农村土地承包法》：该法调整农村土地承包关系，规定承包方和发包方的权利义务，为确权提供基本框架。它强调承包应遵循公开、公平、公正原则，并明确了家庭承包的承包方资格、承包期限等。
- 《中华人民共和国民法典》：该法保障物权设立、变更、转让和消灭的合法性，为土地权利人提供法律保障。它规定了不动产物权的登记生效原则，为土地确权登记的法律效力提供了依据。
政策依据：
- 中央和地方政府的政策文件对确权工作目标、任务、原则和方法做出具体规定。这些政策要求依法依规、尊重历史、注重现实，为确权工作提供了政策指导。
证据依据：
- 土地权属来源证明：如土地承包经营合同、土地流转合同、宅基地审批文件等，是确权的重要证据。
- 土地使用现状证明：包括实际使用情况、附着物情况等，这些证明可以辅助确权工作。
- 法律文件与登记资料：如国土资源部门的确权登记资料、证书，以及农村土地二轮承包后的相关合同、证书和登记簿等，均为确定权属关系的关键依据。
三、实际应用中的建议
在处理农村土地纠纷时，应首先尝试协商解决，以维护和谐关系；若协商无果，则依次考虑调解、行政处理和司法解决途径。同时，要严格依据法律法规和政策文件，结合确凿的证据资料进行确权工作。在收集证据时，应尽可能全面、准确地反映土地权属状况和使用现状，以确保确权工作的准确性和公正性。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。