鉴定机构拒绝鉴定时，法院会根据具体情况采取不同的处理措施，具体如下：

1. 审查拒绝鉴定的理由：

   • 法院首先会审查鉴定机构拒绝鉴定的具体理由。如果拒绝理由合理且符合法律规定，例如鉴定事项超出鉴定机构业务范围、鉴定材料不充分或存在争议等，法院可能会接受鉴定机构的拒绝决定，并考虑其他证据或途径来查明案件事实。
   • 如果鉴定机构拒绝鉴定的理由不充分或存在违法情形，如无正当理由拒绝鉴定、鉴定程序违法等，法院则可能不予接受，并要求鉴定机构继续履行鉴定职责或采取其他补救措施。

2. 要求鉴定机构继续履行或更换鉴定机构：

   • 在鉴定机构无正当理由拒绝鉴定的情况下，法院可以依据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》等相关法律法规，要求鉴定机构继续履行鉴定职责。
   • 如果鉴定机构确实无法履行或拒绝履行，法院也可以考虑更换其他有资质的鉴定机构进行鉴定，以确保案件事实的查明和公正审理。

3. 对鉴定意见的瑕疵处理：

   • 如果鉴定机构已经出具了鉴定意见，但存在瑕疵或问题，如鉴定程序违法、鉴定意见依据不足等，法院可以根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第四十条的规定，通过补正、补充鉴定或者补充质证、重新质证等方法解决。
   • 在这些情况下，如果瑕疵可以通过上述方法解决，法院可能不会准许重新鉴定的申请，而是要求鉴定机构对瑕疵进行补正或补充鉴定。

4. 准许重新鉴定申请：

   • 如果鉴定机构拒绝鉴定导致原鉴定意见无法作为证据使用，或者原鉴定意见存在严重违法情形（如鉴定人不具备相应资格、鉴定程序严重违法等），法院应当准许当事人重新鉴定的申请。
   • 重新鉴定时，原鉴定意见不得作为认定案件事实的根据，以确保案件审理的公正性和准确性。

5. 对鉴定人拒不出庭的处理：

   • 如果鉴定人拒不出庭作证，根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第八十一条的规定，鉴定意见不得作为认定案件事实的根据。
   • 法院应当建议有关主管部门或者组织对拒不出庭作证的鉴定人予以处罚，并责令鉴定人退还已收取的鉴定费用。如果鉴定人拒不退还，法院可以依法执行。

法律建议：

• 在遇到鉴定机构拒绝鉴定的情况时，当事人应及时向法院反映情况，并提供相关证据证明鉴定机构拒绝鉴定的不合理性或违法性。
• 当事人也可以考虑聘请有专门知识的人（如专家辅助人）出庭协助质证，以增强对鉴定意见的挑战力度。
• 如果对鉴定机构的拒绝决定或鉴定意见有异议，当事人可以在法庭辩论终结前向审理法院提交书面申请，说明具体理由并附相关证据，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果法院接受鉴定机构的拒绝决定，并认为其他证据足以查明案件事实，则案件可能继续审理并作出判决。
• 如果法院认为鉴定机构的拒绝决定不合理或违法，并要求鉴定机构继续履行或更换鉴定机构，则案件审理可能会因此延长。
• 如果法院准许重新鉴定申请，则案件需要重新进行鉴定程序，这同样可能导致案件审理时间的延长。但重新鉴定有助于确保案件事实的查明和公正审理。