公司三个章没备案，需根据具体章的类型及使用情况，及时采取补备案、停止使用未备案章、承担法律责任及加强内部管理等措施来处理。具体分析如下：

1. 补备案手续：

   • 公章、财务章、合同章等重要印章：根据《国务院关于国家行政机关和企业事业单位社会团体印章管理的规定》，这些印章在刻制后需要到公安机关进行备案。如果未备案，公司应尽快携带相关材料（如营业执照副本、法定代表人身份证、刻制印章的证明文件等）到当地公安机关办理备案手续。
   • 其他非重要印章：虽然一些非重要印章（如部门章、项目章等）可能不强制要求备案，但为了公司管理的规范性和避免潜在的法律风险，也建议进行备案。

2. 停止使用未备案章：

   • 在补备案手续完成前，公司应停止使用未备案的印章，以避免因使用未备案印章而引发的法律纠纷和行政处罚。

3. 法律责任与风险：

   • 行政处罚：根据相关法律法规，使用未备案的印章可能会面临公安机关的行政处罚，如罚款、没收印章等。
   • 合同效力问题：如果使用未备案的印章签订合同，可能会引发合同效力争议。虽然未备案的印章不一定直接导致合同无效，但会增加合同履行的风险和不确定性。
   • 刑事责任：在极端情况下，如果使用未备案的印章进行诈骗等犯罪活动，相关责任人可能会面临刑事责任。

4. 内部管理建议：

   • 完善印章管理制度：公司应建立完善的印章管理制度，明确印章的刻制、备案、使用、保管和销毁等流程，确保印章管理的规范性和安全性。
   • 加强员工培训：定期对员工进行印章管理方面的培训，提高员工的法律意识和风险意识，避免因疏忽或无知而引发的法律风险。
   • 定期检查与审计：定期对公司的印章使用情况进行检查和审计，及时发现和纠正存在的问题，确保印章管理的合规性和有效性。