公司三个章全部作废时，需要按照相关法律法规和公司章程的规定，进行作废声明、重新刻制并办理相关备案手续。具体处理步骤如下：

一. 作废声明与公告

1. 内部声明：首先，在公司内部进行作废声明，明确告知公司全体员工及相关人员，该三个章已经作废，不再具有任何法律效力。
2. 外部公告：如果必要，还需在相关媒体或官方网站上发布作废公告，以告知公司外部的相关合作方或债权人等，避免后续因使用作废章章而产生的法律纠纷。

二. 重新刻制印章

1. 依据公司章程：根据公司章程的规定，由公司法定代表人或授权代表负责重新刻制新的印章。
2. 选择正规刻章机构：选择具有合法资质的刻章机构进行刻制，确保新印章的合法性和有效性。

三. 办理备案手续

1. 公安机关备案：根据《印章治安管理办法》等相关规定，新刻制的印章需要在公安机关进行备案。
2. 更新相关记录：在公司内部的相关记录中，更新印章信息，确保新印章的正式启用。

四. 其他注意事项

1. 旧章销毁：确保作废的旧章得到妥善销毁，避免被不法分子利用。
2. 及时更新信息：在与公司业务相关的所有文件和资料中，及时更新印章信息，确保业务的正常进行。

我建议在处理公司印章作废事宜时，务必遵循相关法律法规和公司章程的规定，确保整个过程的合法性和有效性。同时，也要加强公司内部对印章的管理和监控，避免类似情况的再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。