连锁店使用个体工商户注册并不直接等同于非法经营，是否非法需视具体情况而定。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法经营的情况
符合个体工商户注册条件：
- 如果连锁店的每个门店都独立满足个体工商户的注册条件，如拥有独立的经营场所、资金、从业人员等，并且按照相关规定办理了工商注册登记手续，那么这种注册方式是合法的。
- 例如，某连锁餐饮品牌在每个城市开设门店时，都以当地负责人的名义注册个体工商户，每个门店独立核算、自负盈亏，这种情况下是合法的。
符合行业特殊规定：
- 某些行业可能允许或鼓励以个体工商户的形式进行连锁经营。例如，一些小型零售、餐饮或服务行业，可能由于行业特点或政策导向，允许或鼓励个体工商户形式的存在。
二、可能构成非法经营的情况
未办理相关证照或许可：
- 如果连锁店在注册个体工商户后，未按照行业规定办理必要的经营许可证或相关证照，如食品经营许可证、卫生许可证等，那么可能构成非法经营。
- 例如，某连锁美容店注册为个体工商户后，未办理卫生许可证就擅自开展美容服务，这种行为就是非法的。
超出经营范围：
- 个体工商户在注册时需要明确经营范围，如果连锁店在经营过程中超出了注册时核定的经营范围，也可能构成非法经营。
- 例如，某注册为个体工商户的连锁便利店，原本只经营日用百货，但后来擅自开始销售药品，这就超出了其经营范围，属于非法经营。
利用个体工商户形式进行避税或逃避监管：
- 如果连锁店通过注册多个个体工商户来分散收入、避税或逃避相关部门的监管，这种行为也是非法的。
- 例如，某连锁企业为了降低税负，将原本应作为一个整体纳税的业务分散到多个个体工商户名下，这种行为就涉嫌偷税漏税和非法经营。
三、法律建议
合规注册：
- 在注册连锁店时，应确保每个门店都符合个体工商户的注册条件，并按照相关规定办理工商注册登记手续。
办理必要证照：
- 根据行业规定，办理必要的经营许可证或相关证照，确保合法经营。
明确经营范围：
- 在注册时明确经营范围，并在经营过程中严格遵守，避免超出范围经营。
遵守税收法规：
- 依法纳税，避免利用个体工商户形式进行避税或逃避监管。
如果你在连锁店注册或经营过程中遇到任何法律问题，或者对个体工商户注册、非法经营等法律概念有疑问，都可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。