结论：地方乡政府的长乡（乡长）与副乡长能否代表政府与被注销矿权的企业签订补偿协议，需根据具体情况判断，主要包括是否获得合法授权以及协议内容是否符合法律规定。以下从不同角度进行分析：

1. 职务代理与法定授权

   • 职务代理基础：乡长和副乡长作为乡政府的行政负责人，其职务行为通常代表乡政府。但职务代理的范围限于其法定职责和乡政府明确授权的事项。
   • 法定职责限制：根据《地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》等相关规定，乡政府负责本行政区域内的行政管理工作，但具体职责需由法律、法规或规章明确。若矿权注销补偿属于乡政府法定职责范围（如因乡政府行为导致矿权注销），则乡长或副乡长有权代表乡政府签订补偿协议。
   • 授权必要性：若矿权注销补偿涉及复杂法律关系或超出乡政府日常管理范围（如因上级政策调整导致矿权注销），则需乡政府通过正式文件（如会议纪要、授权委托书）明确授权乡长或副乡长签订协议。未经授权，其签订的协议可能因无权代理而无效。

2. 协议内容合法性

   • 补偿依据：协议内容需符合《矿产资源法》《行政许可法》等相关法律规定。例如，若矿权注销系因乡政府违法行政行为导致，则补偿标准应参照《国家赔偿法》或相关行政补偿规定；若因企业自身原因（如未履行法定义务）导致矿权注销，则乡政府可能无需补偿。
   • 程序合法性：签订协议前，乡政府应履行法定程序，如调查核实矿权注销原因、听取企业意见、公开补偿标准等。若程序违法，协议可能被撤销或确认无效。

3. 实践中的常见情形

   • 合法授权情形：若乡政府通过正式文件授权乡长或副乡长处理矿权注销补偿事宜，且协议内容合法、程序合规，则协议有效。
   • 无权代理情形：若乡长或副乡长未获授权擅自签订协议，或协议内容超出乡政府法定职责范围（如承诺高额补偿但无法律依据），则企业可要求乡政府追认协议效力；若乡政府拒绝追认，协议对企业不发生效力，但乡长或副乡长可能需承担个人责任。

4. 法律建议

   • 对乡政府：在签订补偿协议前，应明确授权范围、审查协议内容合法性，并履行法定程序，避免因无权代理或程序违法导致协议无效。
   • 对企业：若乡长或副乡长代表乡政府签订协议，应要求其出示授权文件，并核实协议内容是否符合法律规定。若对协议效力存疑，可要求乡政府出具书面确认文件或咨询专业律师。

总结：乡长与副乡长能否代表乡政府签订补偿协议，需结合授权情况、协议内容合法性及程序合规性综合判断。若您涉及此类纠纷，建议直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供详细法律分析。