在申请强制执行的过程中，确实存在对被执行人公司财产进行查封的可能性，这主要取决于具体情况和法院的判断。以下是对这一问题的详细解答：
一、查封措施的法律依据与启动方式
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务时，人民法院有权采取包括查封在内的多种强制措施。这意味着，在强制执行程序中，法院有权根据申请执行人提供的线索以及执行工作的实际需要，审查并决定是否对被执行人的财产，包括公司财产，进行查封。
二、查封公司财产的具体情况
执行阶段新财产的发现：
- 在强制执行程序进行中，若申请执行人发现被执行人公司有新的、未被控制的财产线索（如新购置的房产、设备等），可立即向法院提供这些线索，并正式提出查封申请。法院将依法进行审查，并根据实际情况作出是否准予查封的决定。
原查封措施的续封与补充查封：
- 若之前已对公司财产采取了查封措施，但查封期限届满而被执行人仍未履行义务，申请执行人需及时申请续行查封，以避免财产解封后被转移或隐匿。
- 若之前查封的公司财产价值不足以清偿全部债务，且申请执行人发现了被执行人公司其他可供执行的财产，同样可以向法院申请对新发现的财产进行查封，以弥补差额部分。
三、申请查封公司财产的操作流程
准备申请材料：
- 申请执行人需向法院提交正式的查封申请书，并附上相关证据和材料，如被执行人公司的财产状况证明、财产所在地信息等，以充分说明采取查封措施的必要性。
法院审查与决定：
- 法院在收到申请后，会依法进行审查，综合考虑案件的具体情况、被执行人公司的财产状况以及查封措施可能带来的影响等因素，作出是否准予查封的决定。
执行查封措施：
- 若法院决定准予查封，将依法对被执行人公司的相关财产进行查封，并制作查封清单，由申请执行人、被执行人以及法院相关人员签字确认。
四、建议与注意事项
- 及时沟通与配合：申请执行人在整个执行过程中应积极配合法院的各项工作，提供必要的协助和支持，以确保执行程序的顺利进行。
- 密切关注执行情况：申请执行人应密切关注查封措施的执行情况，确保查封措施的有效性和合法性。若发现被执行人公司有转移、隐匿财产等行为，应及时向法院报告。
- 合理利用法律程序：若对法院的查封决定有异议，申请执行人可依法提出复议或申诉等法律程序，维护自己的合法权益。
综上所述，申请强制执行时确实存在查封对方公司财产的可能性，但具体是否采取查封措施需由法院根据案件情况和法律规定进行判断。申请执行人应积极配合法院工作，提供必要线索和材料，以确保执行程序的顺利进行。