项目经理同时在两个公司担任项目经理的情况，其处罚措施主要取决于是否违反了相关法律法规、合同约定以及企业内部管理制度。以下是对此问题的详细解答：
一、法律法规层面的处罚
一般规定与特殊领域：
- 在大多数普通工程项目中，法律法规并未绝对禁止项目经理同时负责两个项目，但前提是必须符合资质要求、项目管理规定，并能确保对每个项目都履行有效的管理职责。
- 然而，在涉及重大安全风险、关键基础设施建设的特殊领域或特定类型项目中，相关法规或监管要求可能明确禁止项目经理同时兼任其他项目。违反这些规定，项目经理将面临警告、罚款、暂停执业资格乃至吊销执业证书的处罚。
具体法规依据：
- 根据《注册建造师管理规定》，项目经理不得同时在两个及两个以上的建设工程项目上担任施工单位项目负责人。违规者将被责令改正，并给予警告；没有违法所得的，处以1万元以下的罚款；有违法所得的，处以违法所得3倍以下且不超过3万元的罚款。情节严重的，项目经理的执业资格证书可能会被吊销，且在5年内不予注册；若造成重大质量安全事故，将终身不予注册。
- 《建筑法》等相关法律法规也对企业允许他人以本企业名义承揽工程或违规出借资质的行为有明确的处罚规定，包括警告、罚款、责令停业整顿、降低资质等级乃至吊销资质证书等。
二、合同约定层面的责任
- 合同条款的约束：
- 项目业主与施工单位签订的项目合同中，往往会对项目经理的履职情况进行明确约定，如不得同时兼任其他项目的管理工作。
- 若项目经理违反这一合同条款，虽不一定面临行政处罚，但会构成违约，需承担支付违约金、赔偿损失等违约责任。业主还有权要求更换项目经理，以确保项目顺利推进。
三、企业内部管理层面的处理
- 内部制度的规范：
- 施工企业内部通常有关于项目经理管理的制度，明确项目经理的职责和行为规范。
- 若项目经理违反企业内部制度，如同时负责两个项目且未获批准，企业将根据内部规定进行处理，处理方式可能包括内部警告、绩效扣分、降职降薪乃至解除劳动合同等。
四、刑事处罚的可能性
若项目经理同时担任两个项目的行为导致严重后果，如造成重大安全事故、重大伤亡事故等，且构成犯罪的，将依法追究刑事责任，可能面临有期徒刑、拘役、罚金等刑罚。
五、实际案例与警示
- 已有实际案例显示，项目经理因同时在两个项目担任项目经理而违反了相关法律法规，被处以警告和罚款的行政处罚。这些案例警示项目经理和企业必须严格遵守相关法律法规及合同约定，确保工程质量和安全。
六、建议与防范措施
- 加强法规学习：项目经理和企业应加强对相关法律法规的学习和理解，确保执业行为符合规定。
- 完善内部管理：企业应建立健全内部管理制度，对项目经理的执业行为进行严格监督和管理。
- 增强法律意识：项目经理应树立正确的法律观念，增强法律意识，自觉遵守法律法规，不触碰法律红线。
综上所述，项目经理同时在两个公司担任项目经理的行为可能面临严重的法律后果，包括行政处罚、刑事处罚以及合同违约责任等。因此，项目经理和企业必须高度重视这一问题，采取有效措施加以防范和纠正。