结论：在保证合同中，债权人与保证人约定连带保证期限为三年，只要该约定不违反法律的其他强制性规定，且不早于主债务履行期限或者与主债务履行期限同时届满，即为有效约定。
法律分析：
保证期间的定义与性质：
- 根据《中华人民共和国民法典》第六百九十二条，保证期间是确定保证人承担保证责任的期间，该期间不发生中止、中断和延长。这意味着，一旦保证期间确定，它就不会因为任何外部因素而改变。
保证期间的约定：
- 债权人与保证人有权自行约定保证期间的时长。这种约定是双方意思自治的体现，只要不违反法律的强制性规定，就是有效的。
- 约定的保证期间不能早于主债务履行期限或者与主债务履行期限同时届满。如果这样约定，将视为没有约定保证期间，此时保证期间将按照法律规定的默认规则来确定，即主债务履行期限届满之日起六个月。
- 在本题中，约定的保证期间为三年，显然不早于主债务履行期限，也不与主债务履行期限同时届满，因此只要双方意思表示真实，且不违反其他法律强制性规定，该约定就是有效的。
特别约定的有效性：
- 如果债权人与保证人特别约定了连带责任保证的期限为三年，并且这一约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么这一约定是具有法律效力的。这意味着，在约定的三年保证期间内，债权人有权要求保证人承担相应的保证责任。
实操建议：
明确约定：
- 在保证合同或相关协议中，务必明确写明保证期限为三年，确保约定清晰无歧义。这是避免后续纠纷的关键。
合法性审查：
- 在签订保证合同前，应仔细审查约定的保证期限是否违反法律、行政法规的强制性规定。例如，不能约定过长的保证期间以规避法律对保证人权益的保护。
证据留存：
- 签订保证合同后，双方应妥善保管合同原件及相关证据材料。这些材料在发生争议时将作为重要的证据支持各自的主张。
及时行使权利：
- 在约定的保证期限内，债权人应及时行使权利，要求保证人承担相应的保证责任。如果超过保证期间而未行使权利，保证人可能不再承担保证责任。
总结：
连带保证期限约定为三年是有效的，但前提是该约定必须合法、明确，且不违反法律、行政法规的强制性规定。在实际操作中，双方应充分重视保证期间的约定，并遵循相关法律法规和实操建议，以确保各自权益得到有效保障。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。