结论：关于农民在村里搭建500平方米的棚子，有关部门收取5万元是否违规，这并不能直接判断，需要结合具体情况，如搭建棚子的性质、是否经过审批、当地的具体规定以及收费的依据和标准等来进行综合分析。以下是一些可能的情况和对应的法律分析：
搭建棚子未经审批：
- 如果农民在搭建棚子之前没有向相关部门申请并获得批准，那么这种搭建行为可能构成违法建设。在此情况下，有关部门有权根据相关法律法规对违法建设进行处罚，包括罚款、拆除等。但是，罚款的具体数额需要依据当地的法律法规和处罚标准来确定，5万元是否违规需看当地具体规定。
搭建棚子已获审批但超出规定：
- 如果农民在搭建棚子之前已经获得了相关部门的批准，但搭建过程中超出了批准的范围或标准（如面积、高度等），那么这种超出部分也可能构成违法建设。同样，有关部门有权对超出部分进行处罚，罚款数额也需依据当地规定。
收费依据和标准不明确：
- 有关部门收取5万元的费用，必须要有明确的法律依据和合理的收费标准。如果收费依据不足或标准不明确，那么这种收费行为可能构成违规。农民有权要求有关部门出示收费依据和标准，并进行核实。
当地具体规定：
- 不同地区对于农村土地和宅基地的管理规定可能存在差异。一些地区可能对于搭建棚子有特定的限制和要求，包括面积、用途、审批流程等。因此，在判断有关部门收费是否违规时，还需要考虑当地的具体规定。
法律建议：
- 农民在搭建棚子之前，应先了解当地的相关规定和审批流程，确保搭建行为合法合规。
- 如果已经搭建了棚子并收到了有关部门的收费通知，农民应要求有关部门出示收费依据和标准，并进行核实。
- 如果认为有关部门的收费行为违规或不合理，农民可以通过法律途径进行维权，如向相关部门投诉、申请行政复议或提起行政诉讼等。
可能后果：
- 如果搭建行为确实违法且未经过审批，农民可能面临罚款、拆除等处罚。
- 如果收费行为违规或不合理，农民有权要求退还多收的费用，并可能获得相应的赔偿。
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