关于第三人正在破产清算的案子的管辖权问题，这主要涉及到破产案件的管辖原则以及第三人参与破产程序时的相关法律规定。以下是我从不同角度为您进行的详细分析：

1. 破产案件的管辖原则

   • 地域管辖：根据《中华人民共和国企业破产法》及相关司法解释，破产案件由债务人住所地人民法院管辖。这里的“住所地”通常指的是债务人的主要办事机构所在地或注册登记地。如果债务人的主要办事机构所在地与注册登记地不一致，那么应由主要办事机构所在地的人民法院管辖。
   • 级别管辖：破产案件的级别管辖则根据债务人的实际情况和案件的复杂程度来确定。一般来说，基层人民法院管辖县、县级市或者区的工商行政管理机关核准登记企业的破产案件；中级人民法院则管辖地区、地级市（含本级）以上的工商行政管理机关核准登记企业的破产案件，以及纳入国家计划调整的企业破产案件等。

2. 第三人参与破产程序时的管辖权

   • 当第三人参与到正在进行的破产清算程序中时，其管辖权通常不会改变破产案件原有的管辖原则。也就是说，即使第三人加入，破产案件仍然由债务人住所地的人民法院管辖。
   • 但是，如果第三人与破产案件有直接的利害关系，且其主张的权利或义务与破产程序紧密相关，那么在某些特定情况下，第三人可能会就特定事项向有管辖权的人民法院提起诉讼或申请仲裁。不过，这并不改变破产案件本身的管辖权。

3. 特殊情况下的管辖权调整

   • 在某些特殊情况下，如债务人存在多个住所地或主要办事机构所在地不明确时，可能需要由上级人民法院指定管辖。
   • 另外，如果破产案件涉及跨境因素或具有重大社会影响，也可能需要由更高级别的人民法院或专门法院来管辖。

4. 法律建议

   • 对于第三人来说，如果其参与到破产清算程序中，应首先了解破产案件的管辖法院，并确保自己的主张或申请在该法院的管辖范围内。
   • 如果第三人对破产案件的管辖权有异议，可以及时向有管辖权的人民法院提出管辖权异议申请，并附上相关证据材料。
   • 在整个破产清算过程中，第三人应密切关注案件的进展情况，并根据需要采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。

综上所述，第三人正在破产清算的案子的管辖权主要遵循破产案件的地域管辖和级别管辖原则。如果第三人对管辖权有异议或需要采取法律措施来维护自己的权益，建议及时咨询专业律师（即我本人，王旭东律师，专注于刑事辩护、行政纠纷领域）以获取更具体的法律建议。