“另有约定除外”这一表述，在法律上通常意味着合同双方可以在不违反法律法规强制性规定和公序良俗的前提下，就合同中的某些条款或事项进行特别约定，当存在此类特别约定时，应优先遵循双方的特别约定，而非仅适用法定规则。以下是对这一表述的详细解释：
一、法律含义与依据
“另有约定除外”是合同法律中的一个常见条款，它体现了合同自由原则，即合同双方有权根据自己的意愿和实际情况，在合同中设定特定的条款和条件。这种特别约定一旦成立，就具有法律约束力，双方必须按照约定履行。在合同纠纷中，如果合同中有“另有约定除外”的条款，且该约定合法有效，那么双方就应当按照这一约定来处理纠纷。
二、司法实践中的理解与应用
特别约定的优先性：在司法实践中，当合同中有“另有约定除外”的条款时，法院通常会尊重双方的特别约定，并优先适用这些约定来解决纠纷。这是因为特别约定是双方真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定和公序良俗。
约定的合法性与明确性：虽然“另有约定除外”赋予了合同双方较大的自由度，但双方在设定特别约定时，必须确保约定的合法性、明确性和具体性。如果约定违法或模糊不清，可能会导致约定无效或产生争议。
严格执行约定：在合同履行过程中，双方应严格按照特别约定来执行。如果一方违反约定，另一方有权要求其承担违约责任。
三、具体例子说明
以合同解除为例，假设一份买卖合同中约定：“买方应在收到货物后30日内支付货款，但双方另有约定的除外。”如果后来双方又签订了一份补充协议，约定买方应在收到货物后15日内支付货款，那么这一补充协议就构成了“另有约定”。在这种情况下，买方就应按照补充协议的约定，在收到货物后15日内支付货款，而不是原合同约定的30日。
四、注意事项
合法性审查：在设定特别约定时，双方应确保约定不违反法律法规的强制性规定和公序良俗。否则，约定可能被认定为无效。
明确性与具体性：约定应尽可能明确、具体，避免使用模糊、歧义的表述。这样可以在发生争议时，准确判断双方的权利义务。
书面形式：为了确保约定的证据效力，双方最好将特别约定以书面形式固定下来，并由双方签字或盖章确认。
五、法律后果
如果合同中有“另有约定除外”的条款，且双方设定了合法有效的特别约定，但一方违反了这一约定，那么另一方有权要求其承担违约责任。违约责任的具体形式可能包括赔偿损失、支付违约金等，具体取决于合同的约定和法律法规的规定。
总结与建议：在签订合同时，双方应充分利用“另有约定除外”这一条款，结合实际情况明确约定合同中的特定条款和条件。同时，在履行合同过程中，双方也应密切关注合同约定，确保在需要时能够依法、合规地处理纠纷。如果您在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。