离婚协议第二次修改后，只签字按手印在符合法定条件的情况下是具有法律效应的。不过，为了更全面地理解这一问题，我们可以从以下几个角度进行分析：

一、离婚协议的法律性质

离婚协议是夫妻双方自愿离婚时，就子女抚养、财产分割以及债务处理等事项达成的书面协议。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示以及对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。离婚协议在双方办理离婚登记手续后，即具有法律效力。

二、签字按手印的法律意义

1. 签字：签字是确认协议内容的一种方式，表明签字人已经阅读并理解了协议的内容，并同意按照协议的约定履行自己的义务。
2. 按手印：按手印在法律上通常被视为一种更为强烈的确认方式，尤其是在当事人可能不识字或无法签字的情况下，按手印可以作为一种有效的替代方式。在离婚协议上按手印，同样表明当事人对协议内容的认可和接受。

三、离婚协议生效的条件

1. 双方自愿：离婚协议必须是双方自愿达成的，任何一方不得强迫或胁迫对方签订协议。
2. 内容合法：离婚协议的内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害国家、集体或第三人的利益。
3. 办理离婚登记：离婚协议在双方办理离婚登记手续后生效。如果双方只是签订了离婚协议，但并未办理离婚登记手续，那么该协议在法律上并不具有强制执行力。

四、关于第二次修改后的离婚协议

如果离婚协议在第二次修改后，双方都签字并按了手印，且该协议的内容合法、双方自愿，并且最终办理了离婚登记手续，那么该协议是具有法律效应的。它将成为双方离婚后处理子女抚养、财产分割以及债务处理等事项的依据。

五、注意事项

1. 确保协议内容完整：在签订离婚协议时，务必确保协议内容完整、明确，避免留下模糊或歧义的条款。
2. 咨询专业律师：虽然我在这里为你提供了一些基本的法律知识，但离婚协议涉及的法律问题可能比较复杂。因此，在签订离婚协议前，建议你咨询专业律师，以确保你的权益得到充分保障。
3. 保留证据：在签订离婚协议后，务必保留好协议原件以及相关的证据材料，以备不时之需。

如果你在离婚协议方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。