结论：离婚时营业执照未写入财产分割协议或判决中，但对方主张店铺归其所有是否合理，需根据店铺的实际出资、经营情况、产权归属及双方约定等多方面因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、店铺产权归属是核心判断依据
产权登记情况：
- 若店铺登记在对方名下，且能证明其出资来源（如个人财产、婚前财产或双方约定归其所有），则对方主张店铺归其所有可能具有合理性。
- 若店铺虽登记在对方名下，但实际出资为夫妻共同财产，且无特别约定，则店铺应视为夫妻共同财产，离婚时应进行分割。
出资来源与性质：
- 若店铺系对方婚前个人财产出资设立，且婚后未以夫妻共同财产进行投入或经营，则店铺可能归对方所有。
- 若店铺系婚后以夫妻共同财产出资设立，或虽以对方名义出资但实际为夫妻共同经营，则店铺应视为夫妻共同财产。
二、营业执照与店铺产权的关系
营业执照的法律意义：
- 营业执照是店铺合法经营的凭证，但它本身并不直接决定店铺的产权归属。
- 营业执照的持有者可能是店铺的经营者，但不一定是店铺的所有者。
未写入分割协议或判决的影响：
- 若离婚时双方未就店铺产权进行明确约定，且法院判决中未涉及店铺分割，则店铺产权归属可能成为争议焦点。
- 此时，需根据店铺的实际出资、经营情况等因素，结合相关法律法规进行判断。
三、双方约定与实际情况的考量
双方约定：
- 若离婚时双方已就店铺产权达成书面或口头协议，且该协议不违反法律法规的强制性规定，则应按照协议执行。
- 若协议存在欺诈、胁迫等情形，受损害方有权请求法院撤销或变更协议。
实际情况：
- 需考虑店铺的实际经营情况、双方对店铺的贡献程度、店铺的市场价值等因素。
- 若对方主张店铺归其所有，但无法提供充分证据证明其出资来源或经营贡献，则其主张可能不被支持。
四、法律建议与后续行动
收集证据：
- 建议您收集店铺的出资凭证、经营记录、产权证书等相关证据，以证明店铺的实际产权归属。
- 同时，收集离婚时的财产分割协议、法院判决等文件，以了解双方对店铺产权的约定情况。
协商或诉讼：
- 若双方能够就店铺产权达成一致意见，可签订书面协议进行确认。
- 若无法协商一致，您可向法院提起诉讼，请求法院对店铺产权进行分割。在诉讼过程中，需提供充分证据支持自己的主张。
咨询专业律师：
- 离婚财产分割涉及复杂法律问题，建议您在处理过程中咨询专业律师的意见。作为专注于婚姻家庭领域的律师，我可以为您提供专业的法律咨询和诉讼代理服务。
最后，离婚时营业执照未写入财产分割协议或判决中，并不意味着对方主张店铺归其所有就一定合理。需根据店铺的实际出资、经营情况、产权归属及双方约定等多方面因素综合判断。若您在此过程中遇到任何法律问题或困惑，可直接向我咨询。