结论：在交通事故中，即使机动车被判定为主要责任，非机动车被判定为次要责任，非机动车仍需按照责任比例赔偿机动车的修车费用。这一结论基于《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定及实际赔付操作。
一、责任划分原则
根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条的规定，机动车与非机动车驾驶人、行人之间发生交通事故时，责任划分遵循以下原则：
- 若非机动车驾驶人、行人无过错，由机动车一方承担全部赔偿责任。
- 若有证据证明非机动车驾驶人、行人有过错，将适当减轻机动车一方的赔偿责任，具体减轻程度依据非机动车的过错程度确定。机动车一方若无过错，其赔偿责任不超过损失的百分之十。
二、非机动车次要责任的赔付情况
责任比例分担：
- 当非机动车在事故中负次要责任时，需按责任比例承担部分修车费用。例如，若非机动车被判定承担30%的责任，则需支付机动车修车费用的30%。这一比例可根据具体事故情况有所调整，但通常主次责任比例划分为主要责任方承担70%，次要责任方承担30%。
保险赔付顺序：
- 非机动车保险：若非机动车购买了相应的保险（如非机动车第三者责任险），可先由保险公司在保险限额内进行赔付。
- 机动车交强险：若机动车投保了交强险，交强险将在其赔付范围内先行赔付机动车的损失（包括修车费用），不足部分再由非机动车按照责任比例承担。
- 个人承担：若非机动车未购买保险或保险赔付不足，剩余部分需由非机动车驾驶人个人承担。
三、实际操作中的注意事项
及时报警与报案：
- 发生交通事故后，应立即报警并联系保险公司。交警将出具事故认定书，明确事故责任；保险公司则根据事故认定书和保险条款进行理赔。
保留相关证据：
- 在处理事故过程中，应保留好所有与事故相关的证据，如事故现场照片、交警出具的事故认定书、修车费用发票等。这些证据将在后续的理赔或诉讼过程中发挥重要作用。
协商与调解：
- 对于非机动车一方来说，若需承担赔偿责任，应首先尝试与机动车一方进行友好协商。协商不成时，可寻求交警部门或人民调解委员会的帮助进行调解。
法律途径解决争议：
- 若协商与调解均无法达成一致，非机动车一方可通过法律途径解决争议，包括提起诉讼或申请仲裁等。在诉讼过程中，法院将根据事故认定书、相关证据以及法律法规的规定，判决各方应承担的赔偿责任。
四、举例说明
假设一起交通事故中，机动车被判定为主要责任，承担70%的责任；非机动车被判定为次要责任，承担30%的责任。机动车的修车费用为10000元。那么，非机动车需承担的修车费用为：10000元 * 30% = 3000元。如果非机动车购买了第三者责任险，且保险限额足够覆盖这3000元，那么这3000元将由保险公司赔付；如果保险限额不足或未购买保险，则这3000元需由非机动车驾驶人个人承担。
五、总结与建议
在交通事故中，责任划分是赔偿的基础。即使机动车被判定为主要责任，非机动车仍需按照责任比例承担相应的赔偿责任。因此，建议所有交通参与者在行驶过程中严格遵守交通规则，确保行车安全。同时，在发生交通事故后，应及时报警、报案并保留好相关证据，以便后续的理赔或诉讼过程顺利进行。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。