结论前置：

1. 自离员工有权获得实际工作期间的工资，无论离职方式如何，用人单位都应支付。
2. 若自离给公司造成损失，公司可要求赔偿，但不得以此为由克扣全部工资。

详细分析：

一、自离员工的基本工资权益

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《工资支付暂行规定》第九条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，即使员工选择自离，只要其实际提供了劳动，用人单位就有义务支付相应的工资。

举例说明：假设员工小张在某公司工作了10天，然后未经公司批准擅自离职。根据法律规定，公司应当支付小张这10天的工资，不得以自离为由拒绝支付。

二、自离可能带来的经济损失赔偿

虽然自离员工有权获得工资，但如果其自离行为给公司造成了经济损失，如未按照正常流程交接工作导致公司业务受影响，公司有权要求员工赔偿经济损失。然而，这一要求与支付工资是两个不同的法律关系，公司不能以员工自离为由直接扣除其全部工资。

赔偿限制：根据相关规定，公司要求员工赔偿经济损失时，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。若扣除后的工资低于最低工资标准，则应按最低工资标准支付。

举例说明：假设员工小李的月工资为5000元，因其自离给公司造成了2000元的经济损失。公司可以要求小李赔偿，但每月最多只能扣除1000元（即5000元的20%），且扣除后小李的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

三、劳动合同与公司规章制度的影响

1. 劳动合同约定：如果劳动合同中有明确约定关于自离情况下工资支付的规定，如自离员工不享受某些福利待遇或奖金，但基本工资仍需支付，那么应当按照合同约定执行。这体现了劳动合同作为双方约定的重要法律文件，对双方权利义务的明确界定。

2. 公司内部规章制度：公司内部的员工手册或规章制度可能包含对自离行为的处理规定，如扣减工资、不发工资或其他相关措施。然而，这些规定必须合法，不能违反国家法律法规。如果公司内部规定与法律法规相冲突，应以法律法规为准。

四、地域差异与特殊情况

不同地区的法律法规对自离员工的工资支付问题可能有不同的规定。因此，在处理具体案件时，需要参考当地的法律法规，以确保处理的准确性和合法性。此外，如果员工自离时存在特殊情况，如因突发疾病无法提前通知公司等，也可能影响工资支付和赔偿责任的处理。

建议与指导：

1. 员工方面：在离职前应与公司沟通协商，尽量按照法定程序和公司规定办理离职手续，以避免不必要的纠纷。如果确实存在争议或问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。

2. 公司方面：应制定合法、合理的规章制度，明确自离员工的工资支付和赔偿责任处理方式。同时，在处理自离员工问题时，应遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到保障。

综上所述，自离员工有权获得实际工作期间的工资，但若给公司造成损失，公司可要求赔偿且需遵守赔偿限制。在处理此类问题时，应综合考虑法律法规、劳动合同及公司规章制度的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。