结论：是否违法不能一概而论，需分情况讨论。如果借款时不知对方资金不合法且已归还，一般不构成违法；但如果明知或应知对方资金不合法仍借款，即便已归还，也可能涉及违法甚至犯罪。以下为你详细分析：
不知对方资金不合法且已归还的情况
- 法律背景：在民间借贷中，如果出借人的资金来源本身不合法，但借款人对此并不知情，且双方是基于真实的借贷合意达成借款协议，借款人按照约定归还了借款本金和合理利息（如果有约定利息的话），从民事法律关系的角度来看，借款合同本身可能因出借人资金来源问题存在一定瑕疵，但借款人并不因此承担违法责任。因为借款人没有参与出借人资金不合法行为的故意，也不存在与出借人共同实施违法行为的合意。
- 举例说明：比如出借人通过偶然的彩票中奖获得了一笔资金，但这笔资金在出借时出借人并未按照相关规定缴纳个人所得税等（这里只是假设存在未依法纳税等不合法情形，实际中彩票中奖纳税有明确规定），而借款人完全不知道这一情况，只是因为自身还房贷需要资金而向出借人借款，并且按照约定归还了借款。这种情况下，借款人一般不构成违法。
明知或应知对方资金不合法仍借款且已归还的情况
- 法律背景：如果借款人在借款时明知或者应当知道出借人的资金来源不合法，例如出借人的资金是通过盗窃、诈骗、赌博等违法犯罪活动获得的，借款人仍然与出借人达成借款协议并取得资金，即便借款人后续归还了借款，借款人的行为也可能被认定为与出借人共同实施了违法犯罪行为的一部分，或者构成掩饰、隐瞒犯罪所得、犯罪所得收益罪等相关犯罪。
- 共同违法犯罪角度：根据相关法律规定，共同犯罪是指二人以上共同故意犯罪。如果借款人和出借人在借款时就对资金的违法性有共同的认识，并且希望通过借款行为来掩盖资金的违法来源或者实现其他违法目的，那么借款人和出借人就构成了共同违法犯罪。例如，出借人通过诈骗手段获取了资金，借款人明知是诈骗所得仍借款，并帮助出借人转移资金，这就可能构成诈骗罪的共犯。
- 掩饰、隐瞒犯罪所得、犯罪所得收益罪角度：根据《中华人民共和国刑法》第三百一十二条规定，明知是犯罪所得及其产生的收益而予以窝藏、转移、收购、代为销售或者以其他方法掩饰、隐瞒的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。如果借款人明知出借人的资金是犯罪所得，仍然借款并使用，在一定程度上起到了掩饰、隐瞒资金来源的作用，可能构成该罪。
- 举例说明：假设出借人通过抢劫获得了大量资金，借款人明知这一情况，仍然以还房贷为由向出借人借款，并在一段时间后归还了借款。借款人的行为就可能被认定为帮助出借人掩饰、隐瞒抢劫所得资金，构成掩饰、隐瞒犯罪所得、犯罪所得收益罪。
建议
- 保留证据：如果遇到类似情况，要保留好借款合同、还款凭证等相关证据，以证明自己的借款和还款行为是合法、合理的。
- 及时咨询：如果对借款过程中出借人资金的合法性存在疑虑，或者已经涉及到可能的法律风险，要及时向我咨询，以便采取合适的措施维护自己的合法权益。
如果你还有其他关于债务债权或房产方面的法律问题，都可以直接向我提问。