当作为唯一认定案件事实的证据被另案确认无效后，通常可以按照以下方式处理：
启动再审或申请撤销原判决
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，如果原判决、裁定认定事实的主要证据是伪造的或被确认无效，当事人可以申请再审。在此情况下，由于该证据是唯一认定案件事实的依据，其无效性将直接影响原判决的正确性，因此当事人有权向法院申请再审，请求撤销原判决并重新审理。
- 操作建议：当事人应尽快收集相关证据，证明原判决所依据的证据已被另案确认无效，并撰写再审申请书，明确提出再审请求和理由，提交给有管辖权的法院。
提出执行异议或申请执行回转
- 执行阶段处理：如果原判决已经进入执行阶段，而作为执行依据的证据被确认无效，当事人可以向执行法院提出执行异议，请求停止执行或撤销执行行为。
- 执行回转：在执行过程中或执行完毕后，如果据以执行的法律文书被撤销或变更，原执行机构应当依照新的法律文书，作出执行回转的裁定，责令原申请执行人返还已取得的财产及其孳息。因此，当事人可以申请执行回转，要求返还因无效证据而获得的财产。
寻求其他救济途径
- 协商和解：在证据无效导致原判决可能被撤销的情况下，当事人可以尝试与对方进行协商和解，通过达成新的协议来解决争议，避免进一步的法律纠纷。
- 另行起诉：如果因证据无效导致原判决无法执行或无法达到当事人的预期目的，当事人可以考虑根据新的事实和证据，另行向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
综合建议：
- 及时行动：一旦发现作为唯一认定案件事实的证据被另案确认无效，当事人应立即采取行动，以免错过申请再审或提出执行异议的时效。
- 专业咨询：由于法律程序复杂且涉及专业法律知识，建议当事人在处理此类问题时咨询专业律师，以确保自己的权益得到充分保障。
- 全面准备：在申请再审或提出执行异议时，当事人应全面准备相关证据和材料，以证明原判决所依据的证据无效，并阐述自己的再审请求和理由。
在处理此类法律问题时，请随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。