付款公司存现金本身并不直接违法，但需满足一定条件并遵守相关法律法规的规定。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法性角度
现金管理规定：
- 根据《中华人民共和国现金管理暂行条例》等相关规定，企业可以使用现金进行交易，但需遵守现金使用的限额和范围。例如，开户单位之间的经济往来，除规定的范围可以使用现金外，应当通过开户银行进行转账结算。
- 若付款公司存现金的行为符合现金使用的限额和范围，且没有违反其他相关法律法规，那么这种行为是合法的。
税务合规性：
- 付款公司存现金时，需确保税务合规。如果现金交易涉及应税行为，公司应依法申报并缴纳相关税款。
- 避免利用现金交易进行偷税漏税等违法行为，否则将面临税务部门的处罚。
二、风险与合规建议
风险点：
- 资金安全：大量现金存放可能增加资金被盗、被抢或丢失的风险。
- 合规风险：若现金交易不符合法律法规规定，可能面临监管部门的处罚，包括罚款、没收违法所得等。
- 审计风险：现金交易可能增加审计难度，若公司无法提供完整的现金交易记录，可能引发审计问题。
合规建议：
- 尽量使用转账结算：对于大额交易或频繁交易，建议使用银行转账等电子支付方式，以降低资金安全风险和合规风险。
- 完善现金管理制度：若公司确实需要使用现金进行交易，应建立完善的现金管理制度，包括现金收支的审批、记录、保管等环节，确保现金交易的合规性和可追溯性。
- 加强税务合规：确保现金交易涉及的税务事项得到妥善处理，依法申报并缴纳相关税款。
三、特殊情况下的现金交易
小额零星支出：
- 根据相关规定，对于小额零星支出，如支付给个人的劳务报酬、差旅费等，可以使用现金进行支付。但需注意，这些支出应符合规定的限额和范围。
紧急情况下的现金支付：
- 在某些紧急情况下，如银行系统故障、网络中断等，导致无法使用电子支付方式时，公司可以使用现金进行支付。但需在事后及时补办相关手续，确保交易的合规性。
总结与建议：付款公司存现金本身并不违法，但需严格遵守相关法律法规的规定，确保现金交易的合规性、安全性和可追溯性。若您对公司现金管理或税务合规方面存在疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。