结论：项目长期“未验先投”，多年后被查仍然可能面临处罚，这主要取决于违法行为是否超过行政处罚的追责时效以及相关法律法规的具体规定。

分析如下：

1. 行政处罚的追责时效：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。”
   • 这意味着，对于一般的违法行为，如果两年内未被发现，行政机关通常不再给予行政处罚。但如果违法行为涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果，或者法律另有规定，则追责时效可能延长至五年。

2. “未验先投”行为的性质：

   • “未验先投”通常指的是建设项目在未经环保验收或相关验收合格的情况下，擅自投入生产或使用。这种行为可能违反了环境保护、安全生产等相关法律法规。
   • 如果该行为涉及公民生命健康安全或金融安全，并且产生了危害后果，那么根据《行政处罚法》的规定，追责时效可能延长至五年。

3. 具体法律法规的适用：

   • 除了《行政处罚法》外，还需要考虑具体行业或领域的法律法规。例如，在环境保护领域，可能涉及《中华人民共和国环境保护法》、《中华人民共和国大气污染防治法》等，这些法律可能对“未验先投”行为有具体的处罚规定。
   • 如果相关法律法规对“未验先投”行为的处罚有特别规定，如设定了更长的追责时效或更严厉的处罚措施，那么应当优先适用这些特别规定。

4. 实际案例与执法实践：

   • 在实际执法中，行政机关会根据违法行为的性质、情节、后果以及相关法律法规的规定来决定是否给予行政处罚。
   • 如果“未验先投”行为持续存在或被发现后仍在继续，那么即使超过了通常的追责时效，行政机关也可能根据具体情况给予处罚。

法律建议：

• 对于项目方而言，应严格遵守相关法律法规，确保建设项目在验收合格后再投入生产或使用，以避免可能的法律风险和处罚。
• 如果项目已经存在“未验先投”的情况，建议尽快采取补救措施，如申请验收、整改等，以减轻可能的法律后果。
• 如果面临行政处罚，项目方有权依法提出陈述、申辩或申请行政复议、提起行政诉讼等，以维护自己的合法权益。

后续行动建议：

• 如果您或您的企业面临类似问题，建议直接向我咨询，提供更详细的情况描述和相关证据材料，以便我能给出更具体、更准确的法律建议。
• 同时，也建议您关注相关法律法规的更新和变化，以及行政机关的执法动态，以便及时调整自己的经营策略和管理措施。