结论：针对您提出的“承包地被他人代耕，被种植了树木，以什么案由起诉”的问题，通常可以考虑以“土地承包经营权纠纷”或“侵权责任纠纷”作为案由进行起诉，具体取决于案件的具体情况和您的诉求。
分析说明：
土地承包经营权纠纷：
- 法律背景：根据《中华人民共和国农村土地承包法》的相关规定，土地承包经营权人依法对其承包经营的耕地、林地、草地等享有占有、使用和收益的权利。若他人未经允许代耕并种植树木，可能侵犯了您的土地承包经营权。
- 适用情况：当您认为对方的行为主要侵犯了您对土地的使用权和收益权，且您希望恢复土地原状或获得相应赔偿时，可以选择以“土地承包经营权纠纷”为案由起诉。
侵权责任纠纷：
- 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。若他人代耕并种植树木的行为给您造成了损失，如土地价值下降、农作物收益减少等，您可以要求对方承担侵权责任。
- 适用情况：当您认为对方的行为不仅侵犯了您的土地承包经营权，还给您造成了实际的经济损失，且您希望获得赔偿时，可以选择以“侵权责任纠纷”为案由起诉。
特殊场景：
- 如果对方代耕并种植树木的行为是经过您口头或书面同意的，但后来双方因收益分配等问题产生纠纷，此时可能更侧重于考虑合同纠纷或合伙纠纷等案由，具体取决于双方之间的约定和实际情况。
- 如果对方的行为涉及非法占用农用地、破坏耕地等违法行为，您还可以向相关部门举报，并考虑在民事诉讼中主张对方承担更重的法律责任。
行动建议：
- 收集证据：在起诉前，务必收集好相关证据，如土地承包合同、代耕协议（如有）、现场照片、视频资料、证人证言等，以证明您的土地承包经营权以及对方侵权的事实。
- 咨询律师：由于法律程序复杂且每个案件的具体情况不同，建议您在起诉前咨询专业律师，以便更准确地确定案由、制定诉讼策略并准备相关证据材料。
- 提起诉讼：在准备好相关证据和材料后，您可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求对方停止侵权行为、恢复土地原状或赔偿损失等。
后续思考：
- 在诉讼过程中，您需要关注对方的答辩意见和证据材料，以便及时调整自己的诉讼策略。
- 如果对方提出反诉或提出其他抗辩理由，您需要认真应对并准备相应的反驳证据和材料。
- 无论诉讼结果如何，您都需要考虑如何执行判决或调解协议中的内容，以确保自己的权益得到切实保障。
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