在商标侵权案件中，对于能证明商品有合法来源的侵权行为主体，并不一定会被没收产品，具体需根据民事、行政及刑事责任的不同情况来分析。以下是对这一问题的详细解答：

1. 民事责任方面：

   • 根据《中华人民共和国商标法》第六十四条第二款的规定，若销售者不知道所销售的商品是侵犯注册商标专用权的，并能证明该商品是自己合法取得且能说明提供者，则不承担赔偿责任。但销售者仍有义务立即停止销售侵权商品，以避免进一步的法律纠纷。
   • 举例：假设某小商店销售了一批假冒某知名品牌的商品，但商店老板能提供进货发票和供应商信息，证明其确实是从正规渠道购进且不知情，那么商店老板在民事上可能不承担赔偿责任，但仍需停止销售这些侵权商品。

2. 行政责任方面：

   • 依据《中华人民共和国商标法》第六十条第二款，工商行政管理部门在处理商标侵权案件时，若认定侵权行为成立，将责令立即停止侵权行为，并可能采取没收、销毁侵权商品及工具，以及罚款等措施。但对于能证明商品合法来源的销售者，主要处理措施为责令停止销售，通常不会科以罚款等更严厉的行政处罚，除非销售者在五年内实施两次以上商标侵权行为或有其他严重情节。
   • 特别提示：即使销售者能证明商品的合法来源，也应积极配合工商行政管理部门的调查，主动停止销售侵权商品，以避免更严重的法律后果。

3. 刑事责任方面：

   • 在刑事层面，即使行为人能够证明所销售商品的合法来源，也不能完全免除其刑事责任。合法来源的证据虽可能作为量刑情节予以考虑，法院在量刑时可能会酌情从轻处罚，但行为人仍需承担相应的刑事处罚。
   • 举例：如《中华人民共和国刑法》中规定的假冒注册商标罪、销售假冒注册商标的商品罪等，即便销售者主观上不知情且有合法来源，也需承担一定的刑事责任，只是可能因情节轻微而得到从轻处理。

综合建议：

• 谨慎审查：销售者在购进商品时，应严格审查商品的来源和品质，确保所售商品不侵犯他人商标权。
• 保留证据：为应对可能的商标侵权纠纷，销售者应妥善保存进货发票、合同等合法来源的证据，以便在需要时提供证明。
• 及时止损：一旦得知所售商品涉及商标侵权，销售者应立即停止销售，并主动与商标权人或相关部门沟通，以避免进一步的法律责任。

商标侵权的合法来源并非完全免责的“护身符”。销售者仍需谨慎行事，确保所售商品的合法性，以避免不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。