结论：物业对商户三天两头检查卫生是否违法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、物业检查卫生的合法性基础
合同约定：
- 如果商户与物业签订的物业服务合同中明确约定了物业有权定期或不定期对商户的卫生状况进行检查，且检查频率、方式等具体条款均已明确，那么物业按照合同约定进行检查是合法的。
法律法规：
- 在没有合同约定的情况下，物业的检查行为需符合相关法律法规的规定。一般来说，物业为了维护小区或商业区域的公共环境卫生，有权对商户的卫生状况进行监督，但这种监督应当合理、适度，不得侵犯商户的合法权益。
二、物业频繁检查可能存在的问题
侵犯商户经营自主权：
- 如果物业的检查频率过高，如三天两头进行检查，且检查方式不当（如未经允许擅自进入商户经营场所、干扰商户正常经营等），可能构成对商户经营自主权的侵犯。
违反合同约定或公平原则：
- 即使合同中有关于物业检查卫生的约定，但如果检查频率过高，超出了合同约定的范围或合理限度，也可能构成违约或违反公平原则。
三、商户的应对措施
审查合同条款：
- 商户应首先审查与物业签订的物业服务合同，了解合同中关于物业检查卫生的具体约定。如果合同中有明确约定，且物业的检查行为符合合同约定，商户应予以配合。
与物业协商：
- 如果商户认为物业的检查频率过高或检查方式不当，可以与物业进行协商，寻求合理的解决方案。例如，可以建议物业调整检查频率、改进检查方式等。
寻求法律帮助：
- 如果协商无果，且商户认为物业的检查行为已经侵犯了其合法权益，可以寻求法律帮助。商户可以向相关部门投诉（如房管部门、消费者协会等），或者向法院提起诉讼，要求物业停止侵权行为并赔偿损失。
四、法律建议
- 对于物业：物业在行使检查权时，应严格遵守合同约定和法律法规的规定，确保检查行为的合法性和合理性。同时，物业应尊重商户的经营自主权，避免过度干扰商户的正常经营。
- 对于商户：商户应了解自己的权利和义务，积极配合物业的合理检查。如果认为物业的检查行为存在问题，应及时与物业沟通并寻求解决方案。在必要时，商户可以寻求法律帮助以维护自己的合法权益。
最后，物业对商户三天两头检查卫生是否违法，需根据具体情况判断。如果商户对此有疑问或认为物业的检查行为存在问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。