结论：企业贷款逾期起诉后已结清，仍然可以做征信异议申诉，但能否成功需视具体情况而定。以下从多个角度为你详细分析：
一、征信异议申诉的法律依据
根据《征信业管理条例》第二十五条：“信息主体认为征信机构采集、保存、提供的信息存在错误、遗漏的，有权向征信机构或者信息提供者提出异议，要求更正。征信机构或者信息提供者收到异议，应当按照国务院征信业监督管理部门的规定对相关信息作出存在异议的标注，自收到异议之日起20日内进行核查和处理，并将结果书面答复异议人。经核查，确认相关信息确有错误、遗漏的，信息提供者、征信机构应当予以更正；确认不存在错误、遗漏的，应当取消异议标注；经核查仍不能确认的，对核查情况和异议内容应当予以记载。”
这一条款明确规定了信息主体（包括企业）在认为征信信息存在错误或遗漏时，有权提出异议并要求更正。因此，即使贷款已经结清，如果企业认为征信记录中存在不准确的信息，仍然可以提出异议申诉。
二、可能成功的情形
信息错误或遗漏：如果征信记录中存在与企业实际情况不符的信息，如逾期记录错误、贷款金额不符等，企业可以提出异议申诉，并提供相关证据（如还款凭证、银行对账单等）来证明征信记录的错误。在这种情况下，征信机构或信息提供者有义务进行核查，并在确认错误后予以更正。
已结清贷款未更新：有时，即使企业已经结清了贷款，征信记录可能仍未及时更新。这种情况下，企业也可以提出异议申诉，要求征信机构更新记录。企业需要提供贷款结清的证明文件，如银行出具的结清证明等。
三、可能不成功的情形
信息准确无误：如果征信记录中的信息准确无误，即企业确实存在逾期还款的情况，并且这一记录已经得到了银行的确认和报送，那么企业提出异议申诉可能不会成功。因为征信机构或信息提供者没有义务更改准确的信息。
超过异议申诉期限：虽然《征信业管理条例》没有明确规定异议申诉的具体期限，但一般来说，如果企业长时间未对征信记录提出异议，且该记录已经对企业的信用状况产生了实际影响，那么征信机构或信息提供者可能会认为企业已经接受了这一记录，从而拒绝更正。不过，这一情形并非绝对，具体还需根据实际情况和征信机构或信息提供者的政策来判断。
四、操作建议
收集证据：在提出异议申诉前，企业应收集相关证据来证明征信记录的错误或遗漏。这些证据可以包括还款凭证、银行对账单、结清证明等。
提交异议申诉：企业可以向征信机构或信息提供者（如银行）提交异议申诉，并附上相关证据。在提交申诉时，企业应明确说明异议的内容和理由，并要求征信机构或信息提供者在规定期限内进行核查和处理。
跟进处理结果：在提交异议申诉后，企业应跟进处理结果。如果征信机构或信息提供者未在规定期限内给予答复或处理结果不符合企业的期望，企业可以进一步向相关部门投诉或寻求法律援助。
如果你在征信异议申诉过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。