若政府部门清理河道过程中破坏土地，您可按照以下途径主张索赔：

1. 明确责任主体与行为性质
   首先需确认政府部门的行为是否属于行政行为（如依法履行河道管理职责），或存在超越职权、违反法定程序的情形。若其行为合法但造成损害，可能涉及行政补偿；若行为违法（如未履行审批手续、超出必要限度），则可能构成行政侵权，需承担行政赔偿责任。

2. 索赔途径选择

   • 行政补偿程序：若政府部门行为合法但造成土地损害（如因河道疏浚导致周边农田塌陷），可依据《土地管理法》第四十八条或地方性法规，向实施行为的部门提出书面补偿申请，要求对土地修复费用、农作物损失等予以补偿。
     
   • 行政赔偿程序：若政府部门行为违法（如未取得施工许可、未采取防护措施导致土地严重破坏），可依据《国家赔偿法》第四条，先向该部门提出赔偿请求；若被拒绝或未达成一致，可在知道侵权行为之日起6个月内向人民法院提起行政赔偿诉讼。
     
   • 复议或诉讼衔接：若对补偿/赔偿决定不服，可依法申请行政复议（通常向上一级部门或同级政府）或直接提起行政诉讼（向有管辖权的法院起诉）。

3. 关键证据收集

   • 土地权属证明：如土地承包经营权证、宅基地使用证等，证明您对土地的合法权益。
     
   • 损害事实证据：包括现场照片、视频、第三方评估报告（如土地质量检测、农作物损失鉴定）等，证明损害范围及程度。
     
   • 因果关系证据：如气象资料、施工记录等，排除其他可能致损因素（如自然灾害），证明损害与政府部门行为直接相关。
     
   • 程序违法证据：如政府部门未公示施工方案、未听取利害关系人意见等，证明其行为存在程序瑕疵。

4. 注意事项

   • 时效限制：行政赔偿请求需在知道侵权行为之日起2年内提出；行政诉讼需在知道或应当知道行政行为之日起6个月内起诉。
     
   • 专业协助：因涉及行政程序与诉讼交叉，建议委托律师协助起草法律文书、参与谈判或庭审，以提高索赔效率。
     

行动建议：立即固定证据（如拍照、联系村委会见证），向实施清理行为的政府部门提交书面索赔申请（附证据清单），并同步咨询律师评估行为合法性及赔偿方案。若部门未回应或拒绝赔偿，需在法定期限内启动复议或诉讼程序。