若在取保候审期间不配合调查，司法机关可能根据具体情况采取以下措施：

1. 警告或训诫
   对于初次或情节轻微的不配合行为（如未按时到案、拒不回答合理提问），司法机关通常会先通过口头或书面形式警告，要求立即改正。这是最常见的初步处理方式，目的是督促嫌疑人履行取保候审的义务。

2. 没收保证金或责令具结悔过
   根据《刑事诉讼法》第71条，若嫌疑人违反取保候审规定（包括不配合调查），司法机关可没收部分或全部保证金，并要求其出具悔过书。若嫌疑人未缴纳保证金，则可能被要求具结悔过（书面保证遵守规定）。

3. 变更强制措施为拘留或逮捕
   若不配合行为情节严重（如逃避调查、毁灭证据、威胁证人等），司法机关可直接撤销取保候审，将强制措施变更为拘留或逮捕。此时嫌疑人会被羁押，案件将加速推进。

4. 追究刑事责任
   若不配合行为构成新罪（如妨害作证、毁灭证据罪），司法机关会并案处理，对嫌疑人新增罪名提起公诉。例如，嫌疑人教唆证人作伪证，可能同时面临原罪和新罪的数罪并罚。

不配合调查的常见情形及后果示例：

• 逃避传唤：未按规定时间到案接受询问，可能被没收保证金并逮捕。
  
• 拒不提供证据：隐瞒关键物证或拒不配合鉴定，可能被认定为“毁灭证据”，面临新增罪名。
  
• 干扰证人：通过威胁或贿赂阻止证人作证，可能构成妨害作证罪，与原罪并罚。
  

建议：
若您或他人正处于取保候审阶段，务必严格遵守以下规定：

1. 保持通讯畅通，随传随到；
   
2. 如实回答调查问题，不隐瞒、不伪造；
   
3. 避免与同案犯或证人接触，防止干扰调查。
   

如有特殊情况（如健康原因、不可抗力）导致无法配合，需提前向司法机关申请延期或变更方式，并提供证明材料。若已因不配合被处理，可联系我进一步分析具体情节，评估是否可申请复议或减轻处罚。