当职务犯罪案件已经过了追诉期时，纪委的处理方式是一个涉及多个层面的综合考量过程，主要依据党内法规、相关政策以及刑法的规定来进行。以下是对此问题的详细解答：
一、刑事责任层面的处理
不再移送司法机关：
- 根据《中华人民共和国刑法》的明确规定，犯罪行为一旦超过追诉时效期限，司法机关将不再追究其刑事责任。因此，纪委在确认职务犯罪确实已过追诉期后，将不会把案件移送至司法机关进行刑事起诉。
严格依照法律判断：
- 纪委在处理此类案件时，必须严格依照《刑法》中关于追诉时效的具体规定，确保准确判断职务犯罪是否确实已过追诉期。这是保障处理合法性的重要前提。
二、违纪违规层面的处理
深入调查核实违纪事实：
- 即便犯罪行为已过追诉期，但如果存在违反党纪政纪的行为，纪委仍需进行深入调查，全面核实违纪事实的具体情况，包括行为的性质、情节以及可能产生的影响等。
给予相应的党纪政务处分：
- 党内纪律处分：根据《中国共产党纪律处分条例》的相关规定，纪委可以对查实的违纪行为给予警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看或开除党籍等处分。
- 行政处分：同时，依据《中华人民共和国公职人员政务处分法》，纪委还可以建议或协调相关部门对违纪公职人员进行降级、撤职或开除等行政处分。
追回违法所得：
- 对于通过职务犯罪获得的非法利益，纪委应依法进行追回，确保公共财产不受损失，维护社会公平正义。
公开通报与警示教育：
- 为了增强警示效果，纪委可以对已过追诉期的职务犯罪案件进行公开通报曝光，并在相关单位或系统内开展警示教育活动，提升党员干部的纪律意识和廉洁意识。
三、相关问题整改与防范
督促问题整改：
- 针对职务犯罪暴露出的问题，纪委应要求相关单位进行全面整改，完善管理制度，堵塞漏洞，防止类似问题再次发生。
建立长效防范机制：
- 纪委还应指导相关单位建立健全防范职务犯罪和违纪行为的长效机制，加强对权力运行的制约和监督。例如，可以建立廉政风险防控体系，定期开展廉政谈话和监督检查，从源头上预防职务犯罪的发生。
结论
综上所述，即使职务犯罪案件已经过了追诉期，纪委仍然可以根据党内法规和相关政策对涉嫌职务犯罪的公职人员进行严肃处理。这既体现了党内纪律的严肃性，也维护了社会的公平正义和公职人员的廉洁形象。同时，通过整改和防范机制的建立，有助于从根本上减少和预防职务犯罪的发生，促进社会的和谐稳定。